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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004029

染色体: Chr08 坐标: 48702097-48702534 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004029
名称SmilChr08G004029
描述uncharacterized SmilChr08G004029
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48702097 - 48702534 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998584
GeneID130998584
locus_tag-
NCBI NameLOC130998584
原始查询SmilChr08G004029

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057779983.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779983.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057779983.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057779983.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779983.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48702138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr8:48702155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr8:48702170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B70,C25,C43,C80
Chr8:48702221 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B3
Chr8:48702221 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B3
Chr8:48702222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:48702225 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B94
Chr8:48702225 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B94
Chr8:48702233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:48702234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr8:48702241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:48702244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924000.1
ATGGCGATCTCTGGTGTAGCGACCGTGGCGAGGGGCGGCGGGTACCGGCCTGTTGGTGGTGCTGGTGATGGTTGTGGTGGCGCAGCAGGGGGCGGCGCGAATTGGTGGAGAATTGGGGATTTAGGGCACAAATTGTTGCCCTTTGTGCACCGCCGCGATCTGGGATCTAGGGCACGAATTGTTGCCCTTTGTGTGCCGTCTGTGCTTGCGAATGTGGTGAGAACGGTGTGGAGTGGTGCCAGCGATGGTGGCGGCATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998584
ATGGCGATCTCTGGTGTAGCGACCGTGGCGAGGGGCGGCGGGTACCGGCCTGTTGGTGGTGCTGGTGATGGTTGTGGTGGCGCAGCAGGGGGCGGCGCGAATTGGTGGAGAATTGGGGATTTAGGGCACAAATTGTTGCCCTTTGTGCACCGCCGCGATCTGGGATCTAGGGCACGAATTGTTGCCCTTTGTGTGCCGTCTGTGCTTGCGAATGTGGTGAGAACGGTGTGGAGTGGTGCCAGCGATGGTGGCGGCATGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779983.1
MAISGVATVARGGGYRPVGGAGDGCGGAAGGGANWWRIGDLGHKLLPFVHRRDLGSRARIVALCVPSVLANVVRTVWSGASDGGGMGGGGLGTGEGQTGSGDLGEGPMGLGMGEGRWVWGWGRGWPAPACGGGGRCRRVGVRDER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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