Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004030`

染色体: Chr08 坐标: 48712439-48713885 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004030`
名称	SmilChr08G004030
描述	uncharacterized SmilChr08G004030
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	48712439 - 48713885 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998585`
GeneID	`130998585`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998585`
原始查询	`SmilChr08G004030`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997]; symbol=AT5G28810; hit=AT5G28810; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G28810` (AT5G28810) Ulp1 protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832997] identity=32.5; qcov=0.238; evalue=6.86e-06; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779984.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057779984.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057779984.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057779984.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779984.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:48712443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D7
`Chr8:48712446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,D9
`Chr8:48712461`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr8:48712465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr8:48712482`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr8:48712518`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	B13,B130,B28,B7,B80,C30,C62,C82,C83,D11,D6
`Chr8:48712533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr8:48712539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C11,C74,C75,C87
`Chr8:48712547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B79,C60,D2
`Chr8:48712550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr8:48712552`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A16,A18,A4,B1,B10,B104,B108,B122,B126,B137,B139,B15,B16,B22,B28,B3,B31,B40,B47,B54,B55,B57,B58,B6,B72,B73,B76,B78,B82,B92,B97,C20,C21,C29,C35,C37,C46,C48,C5,C63,C65,C66,C76,C84,D1
`Chr8:48712567`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B129,B89,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924001.1
GAAGTGGTTCCACGTTGGTGGACACGACATTCGATTCGGCGCAGTGGAGTATTGTCTGGTGACAGGGTTGTGCTTCGGGCCATCCCCGCAGTGTTTTGATCCTAATGTGGATCACCGTGTTGGGAAGCAGAGTCTATGGCACCGAGTTTTGAAAGGCAAGAAGGTGGAAGTGAAGGATCTGCGGAAGCGGTTCGTTAGCCGCAGTCTGGGCAACAGTGCCCAGGATTATTTGAGGGTGGCCAATATTCTCGTGGCGTATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998585
ATGAGTGTGTTGAAGAAGCATCCCGCGGAGATTACCGGTACTAGGAAGACGTACCACTTCTATGGGCCCATATGGGCATTACAGATTTGGTCGTACGAGGCCATTCCGAGGTTGGGCCGCGCGTGTGGGGCTCGTGACACGAGCTTCCAGATGCCACGATTGGTCAACTGGACGACTTGGAAGTCGGCTTCTGACTTCGCCCACTTTTTTTATGCTGATGAGGACGAGTGTCACCGGACACTCGAACCGGTCGAGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779984.1
MSVLKKHPAEITGTRKTYHFYGPIWALQIWSYEAIPRLGRACGARDTSFQMPRLVNWTTWKSASDFAHFFYADEDECHRTLEPVEEENDSWYLQTLRLPDPFSVRYHPGGKYAGLTEPLVPEPPPPVRPPPVQRSSSRAEPVPVRPPPVPRSSSRAEKARGKQPVHVERHRQMYADPTGSPSKRPRPQEFDDSGPRADPDADYWRRCDEDLIARVTESVTREQIRTVIPEVRRAIVDDDSEHGLVAKITRKVVAAVKDIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器