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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004046

染色体: Chr08 坐标: 48965535-48967718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004046
名称SmilChr08G004046
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g05340
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48965535 - 48967718 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996926
GeneID130996926
locus_tag-
NCBI NameLOC130996926
原始查询SmilChr08G004046

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g05340
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g05340
ArabidopsisAT3G05340 (AT3G05340)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819698]
identity=57; qcov=0.895; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0552300 (PPS1)
-
identity=34.4; qcov=0.889; evalue=3.32e-129; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996926

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057778185.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778185.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778185.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778185.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057778185.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48965788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B104,D2
Chr8:48966019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B104,D2
Chr8:48966168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:48966382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr8:48966403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B110,B3,B5,C56
Chr8:48966661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:48966935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B35
Chr8:48967001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:48967133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:48967186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B104,D2
Chr8:48967208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr8:48967273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778185.1
658 aa
N
1
329
658
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
E_motif
C
PF12854 PPR_1 89-113 aa PF01535 PPR 89-114 aa PF01535 PPR 120-145 aa PF01535 PPR 222-250 aa PF01535 PPR 295-315 aa PF01535 PPR 323-352 aa PF01535 PPR 396-422 aa PF13812 PPR_3 422-468 aa PF13041 PPR_2 422-469 aa PF01535 PPR 424-453 aa PF01535 PPR 459-486 aa PF20431 E_motif 539-601 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778185.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 89 113 1.6e-30 105.3 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 89 114 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 120 145 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 222 250 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 295 315 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 352 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 396 422 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 422 468 5.8e-20 71.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778185.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 422 469 4.4e-50 168.3 PPR repeat family
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 424 453 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 459 486 3.4e-52 171.8 PPR repeat
XP_057778185.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 539 601 1.9e-12 48.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922202.1
TCCTTCTTCGACCTAATTTCTAATTAAATTCAATAATTTCCCTTTCAACGGTGAGACGCTGCATTACTTTGATGGATGAGTGCCATCAGATGCGTCCTCACCAAACTCCGCCCTCCTCCTCTGCCACCTCAGCTTCTCTCATGGCGCCGCTCCTCAACATTATCACCTCTACCCTCCAAATACACACTCTCTTCCATCACAGATTCGAACCTCCGCGAATTGATCAATTCTTGCGGAAGCCAAGGCAATATCCGCCTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996926
ATGAGTGCCATCAGATGCGTCCTCACCAAACTCCGCCCTCCTCCTCTGCCACCTCAGCTTCTCTCATGGCGCCGCTCCTCAACATTATCACCTCTACCCTCCAAATACACACTCTCTTCCATCACAGATTCGAACCTCCGCGAATTGATCAATTCTTGCGGAAGCCAAGGCAATATCCGCCTAGGTTCTCACCTCCACGCCTACCTCATCAAGAGCCCTCCATCTTTTGACAACGGAGCTCCACTCTCTCGCCGAAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778185.1
MSAIRCVLTKLRPPPLPPQLLSWRRSSTLSPLPSKYTLSSITDSNLRELINSCGSQGNIRLGSHLHAYLIKSPPSFDNGAPLSRRNSQVIYNSLLHMYCKCGQLRDAANLFDELPLRDTVSWNSLISGFLKLGELETGFGYFKLLLGSTEYMFDHASLTSVLSACGGKELLGIVKMVHALAILSGYERDVTVGNALTTSYFRCLSLELGMCVFDEMAERNVVTWTAAISGMAQNKFFVGSLKLFMEMHHSSVSPNGLTYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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