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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004047

染色体: Chr08 坐标: 48969161-48973737 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004047
名称SmilChr08G004047
描述kinesin-like protein KIN-14S
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向48969161 - 48973737 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996922
GeneID130996922
locus_tag-
NCBI NameLOC130996922
原始查询SmilChr08G004047

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-14S
产物kinesin-like protein KIN-14S
ArabidopsisAT5G27550 (AT5G27550)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832815]
identity=62.4; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0397900 (KIN14J)
-
identity=51.8; qcov=0.869; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057778181.1
2 Centrosome 中心体 1.00000 XP_057778181.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057778181.1
4 Spindle Spindle 1.00000 XP_057778181.1
5 Spindle pole Spindle pole 1.00000 XP_057778181.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:48969347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B74,C61,D7
Chr8:48969871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:48969910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:48970096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B107
Chr8:48970144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:48970438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr8:48970811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:48971592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr8:48971665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:48971964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B28,B7,B80,C62,D6
Chr8:48972709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:48972718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778181.1
771 aa
N
1
386
771
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 132-291 aa PF00225 Kinesin 156-473 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778181.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 132 291 9.1e-45 153.0 Microtubule binding
XP_057778181.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 156 473 3.6e-112 375.3 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057922198.1
GATCACTTCAATTTCAAAACTTTGTTTTCAAAAACAAAACAGCACCTCTTTTCCGACCGTTTCAACCTTTCTTTCACCATTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCGCTCTCTATCTCTCTCTCCTCCCTCTTCGATCCCTACTCAATTTTAGCACTGAATCCTCTGACGGCAACCATGGACGATCAAGCCCTGGAAATCCTTTGTTCGAGTTTTGATCATGCTGTTACTCTATCCCCTATTAATGCTGATCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996922
ATGGACGATCAAGCCCTGGAAATCCTTTGTTCGAGTTTTGATCATGCTGTTACTCTATCCCCTATTAATGCTGATCAAACTGCTGCGACACCAGAGGAAAATTCAGGATGTGAAGGAAATTGTGATTCAGTGGATACCAGTGCTACTTCTGATGATACTCAAGAAGCATGTTCACAGACTCTTCCGATTTTTCTGAAAATTGAAGGTCTTAGCAACAAACTACAGAGTATCAGAGAAGAACATGCACGCCTGAGCAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778181.1
MDDQALEILCSSFDHAVTLSPINADQTAATPEENSGCEGNCDSVDTSATSDDTQEACSQTLPIFLKIEGLSNKLQSIREEHARLSNEVKSISIDSLLGSEAFTALEKLSVEHELLKNKYHEECELLKKKYFQESSERKKLYNEVIELKGNIRVFCRCRPLKQDEIEKGSTSVVDFDSSQENELQIICSDSSKKQFKFDHVFGPEDNQEAIFDQTMPIVTSVLDGYNVCIFAYGQTGTGKTYTMEGTSENRGVNYRTLKEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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