Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004049`

染色体: Chr08 坐标: 48992676-48994411 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004049`
名称	SmilChr08G004049
描述	uncharacterized SmilChr08G004049
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	48992676 - 48994411 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998592`
GeneID	`130998592`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998592`
原始查询	`SmilChr08G004049`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
产物	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=27.5; qcov=0.877; evalue=1.89e-51; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=26.5; qcov=0.944; evalue=6.47e-49; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998592

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779990.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057779990.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779990.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779990.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779990.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:48992687`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B105
`Chr8:48992753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B130,B54,C35,C53,D1
`Chr8:48992753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B130,B54,C35,C53,D1
`Chr8:48992754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C73
`Chr8:48992755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C73
`Chr8:48992804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr8:48992832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,C15,C50
`Chr8:48992852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr8:48992863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C50
`Chr8:48992887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,C53,C55
`Chr8:48992938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B52,B72
`Chr8:48992939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779990.1

552 aa

276

552

Transposase_mut

MULE

SWIM

PF00872 Transposase_mut 128-228 aa PF10551 MULE 129-223 aa PF04434 SWIM 372-402 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779990.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	128	228	1.8e-11	44.3	Transposase, Mutator family
`XP_057779990.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	129	223	2.4e-21	76.6	MULE transposase domain
`XP_057779990.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	372	402	2.1e-07	31.0	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924007.1
ATGGATCATACCTGCCACACGGATTTGAATCGCACTGCCCCGAGACAGATTCCGGCGAGGGTTGTTGGAAGATATTTTGCACGGAAATTGGTAGGCGAGGGGGTCGTTTTGAAGCCGAAGGAGATGATGTCAGAGATGCAGCGCTTATTCGGTATTGAGATCAATTACAGCTTCGCTCTCCGTGCAAGAAACATCGCGATTGAGATGACGTATGGTGATTTTGGGAACTCGTATCAGATGCTCCCATCGTATTTGTATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998592
ATGGATCATACCTGCCACACGGATTTGAATCGCACTGCCCCGAGACAGATTCCGGCGAGGGTTGTTGGAAGATATTTTGCACGGAAATTGGTAGGCGAGGGGGTCGTTTTGAAGCCGAAGGAGATGATGTCAGAGATGCAGCGCTTATTCGGTATTGAGATCAATTACAGCTTCGCTCTCCGTGCAAGAAACATCGCGATTGAGATGACGTATGGTGATTTTGGGAACTCGTATCAGATGCTCCCATCGTATTTGTATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779990.1
MDHTCHTDLNRTAPRQIPARVVGRYFARKLVGEGVVLKPKEMMSEMQRLFGIEINYSFALRARNIAIEMTYGDFGNSYQMLPSYLYMLRMSNPDTLYDLEMKDDGKFHHMFVALGQSVAAFEKGYLRSVIVVDGTHLKGRNDGILFVAVTKDGNEAIFPLAVGLGPIENDESWTWFFHRLRTCFGQPDDLLIVSDQHKSIRNAVECVYPNVPHELCYYHIQKNLAHYGQHVAAVFKAAAYSYRSDDFQRNFSALQLLKVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器