Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004075`

染色体: Chr08 坐标: 49379955-49381499 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004075`
名称	SmilChr08G004075
描述	uncharacterized GPI-anchored protein At3g06035-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49379955 - 49381499 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998601`
GeneID	`130998601`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998601`
原始查询	`SmilChr08G004075`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841925]; symbol=AT1G54860; hit=AT1G54860; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841925]; symbol=AT1G54860; hit=AT1G54860; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G54860` (AT1G54860) Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841925] identity=47.8; qcov=0.874; evalue=9.3e-54; confidence=high
Rice	`Os07g0645000` (OJ1458_B07.124) - identity=43.7; qcov=0.78; evalue=2.86e-37; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25884 (At5g19230)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057779998.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779998.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779998.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779998.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779998.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49381130`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr8:49381483`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr8:49381483`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779998.1

182 aa

182

At5g19230

PF25884 At5g19230 27-147 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779998.1`	Pfam	`PF25884`	At5g19230	Domain	27	147	1.1e-47	161.6	Uncharacterized GPI-anchored protein At5g19230-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924015.1
TCGGAGACGTGTGAGGAGGTGAAGATGTGTAGTTTGCATGGATGCAACGTGTTGAAATAAAATGGTGGCTGCCTCTTCTCCCTTGGACGTTACAATCTAACTAGCTAAAGTTTTTCTTCACAATTCTTGATAACTTTGAGAGGAACAAATGGAATGTTTTGGGAGTCGTCTTCTTCTGCTGCATGTCTTCCTCTTCCTCTTATTTCTGCAGCTACGCTCCGATGAGGAGCAAGATCTACTTGAGGGGATCAACAGTTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998601
ATGGAATGTTTTGGGAGTCGTCTTCTTCTGCTGCATGTCTTCCTCTTCCTCTTATTTCTGCAGCTACGCTCCGATGAGGAGCAAGATCTACTTGAGGGGATCAACAGTTTCAGGAACTCGGCCAAGGCCCCGGCTCTCGTGAAGCACGACAAGGCCGACTGCGTGGCCGATGAAATCGCGGACAAAATGGAGGACAAGAGCTGCGCGTCCAACGCAGCGCCAACCACGCTGATGTCGGACTACCCGGCGGTGTTGGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779998.1
MECFGSRLLLLHVFLFLLFLQLRSDEEQDLLEGINSFRNSAKAPALVKHDKADCVADEIADKMEDKSCASNAAPTTLMSDYPAVLEKCKVDANTTVDGMILPVCVPKRTATLVLTNYTQSQNARYLNDSKFTGAGIGAEEDWTVLVLTTNTQGGSFASRSHRCVAHYVPSFILSMLSIVFIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器