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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004089`

染色体: Chr08 坐标: 49566619-49567215 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004089`
名称	SmilChr08G004089
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49566619 - 49567215 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998605`
GeneID	`130998605`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998605`
原始查询	`SmilChr08G004089`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=47.8; qcov=0.697; evalue=2.61e-39; confidence=medium
Rice	`Os01g0872900` - identity=46.6; qcov=0.965; evalue=2.66e-53; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998605

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780002.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057780002.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780002.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780002.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780002.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49566632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,B48,C78
`Chr8:49566644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B68
`Chr8:49566646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	48	A11,A13,A14,A19,B1,B103,B104,B110,B118,B121,B125,B130,B140,B18,B2,B21,B23,B25,B26,B3,B31,B44,B47,B5,B53,B59,B62,B68,B7,B72,B83,B97,B98,C17,C2,C33,C35,C45,C5,C56,C58,C72,C78,C80,C82,C83,D5,D9
`Chr8:49566654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr8:49566664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C45
`Chr8:49566667`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B42,C72
`Chr8:49566675`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B100,B121,C80
`Chr8:49566690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr8:49566694`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B131,B67,C76,C87
`Chr8:49566696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B100
`Chr8:49566700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B131,B29,B97,D6
`Chr8:49566703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B35,B55,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780002.1

198 aa

198

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF04827 Plant_tran 5-135 aa PF13359 DDE_Tnp_4 9-126 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780002.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	5	135	3.9e-53	180.8	Plant transposon protein
`XP_057780002.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	9	126	1.8e-07	31.6	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924019.1
ATGGATCTGGCATGCTTTTTTAGGACTCCTGGTTCGAACAACGACATCAACGTGCTCAACAACTCGACGTTGTTCAACGATCGACTGCAAGGAATGGGGGTGCCGGTCACATATCAAGTCAACAACACCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTGACGGCATCTATCCCAATTGGCCGGTATTCGTGAAGAGTCCTACACATCCGACGGATCCGAAGGGGAAGAGATTCAAAGTGATGCAGGAAGCAGCTCGCAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998605
ATGGATCTGGCATGCTTTTTTAGGACTCCTGGTTCGAACAACGACATCAACGTGCTCAACAACTCGACGTTGTTCAACGATCGACTGCAAGGAATGGGGGTGCCGGTCACATATCAAGTCAACAACACCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTGACGGCATCTATCCCAATTGGCCGGTATTCGTGAAGAGTCCTACACATCCGACGGATCCGAAGGGGAAGAGATTCAAAGTGATGCAGGAAGCAGCTCGCAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780002.1
MDLACFFRTPGSNNDINVLNNSTLFNDRLQGMGVPVTYQVNNTYYTSGYYLTDGIYPNWPVFVKSPTHPTDPKGKRFKVMQEAARKDIERAFGVLQARWAIVKGPSRLWSKEEMSDIMFTCIILHNMIIKDEGEHATQWEEDADEASSSAASQPRAGAPPDFRAFVARQASMRDAEMHARLTLDLKEHIWSRFGPIEP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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