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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004098

染色体: Chr08 坐标: 49674927-49680103 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004098
名称SmilChr08G004098
描述uncharacterized SmilChr08G004098
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向49674927 - 49680103 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996956
GeneID130996956
locus_tag-
NCBI NameLOC130996956
原始查询SmilChr08G004098

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SEC-C motif protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819655]; symbol=AT3G04950; hit=AT3G04950; species=arabidopsis; confidence=high
产物SEC-C motif protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819655]; symbol=AT3G04950; hit=AT3G04950; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G04950 (AT3G04950)
SEC-C motif protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819655]
identity=60.5; qcov=0.909; evalue=2.91e-84; confidence=high
RiceOs06g0298500
-
identity=55.9; qcov=0.89; evalue=9.08e-75; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02810 (SEC-C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996956

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057778230.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057778231.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:49677324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr8:49678678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr8:49679578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B79,C18,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778231.1
209 aa
N
1
104
209
SEC-C
C
PF02810 SEC-C 187-205 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778231.1 Pfam PF02810 SEC-C Domain 187 205 5.1e-07 30.1 SEC-C motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092888.1
ACAAAAAAACAAAGTTGTATGAGAAATCGCATATCCTAAAACCCCGAGGGCGAGGGTTTAAAGAAGTAGAAGCAATGAATATCCAACAATCAACATTAACATAATGATCCGATCAATTCTCTCATCTCCCTGCCGCCGGAATCTCTCTCCGTCTAATCTCCGCCGCATCTCTACCACGCCGCATCTCAGCTTCTCATGGATGGACAAGGTCAAAGGAGTTCTTGGCCAGAAGACCGAATCGCCATCCTCACAATCGGCCC...
XR_009092890.1
CAAAAAAACAAAGTTGTATGAGAAATCGCATATCCTAAAACCCCGAGGGCGAGGGTTTAAAGAAGTAGAAGCAATGAATATCCAACAATCAACATTAACATAATGATCCGATCAATTCTCTCATCTCCCTGCCGCCGGAATCTCTCTCCGTCTAATCTCCGCCGCATCTCTACCACGCCGCATCTCAGCTTCTCATGGATGGACAAGGTCAAAGGAGTTCTTGGCCAGAAGACCGAATCGCCATCCTCACAATCGGCCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130996956
ATGATCCGATCAATTCTCTCATCTCCCTGCCGCCGGAATCTCTCTCCGTCTAATCTCCGCCGCATCTCTACCACGCCGCATCTCAGCTTCTCATGGATGGACAAGGTCAAAGGAGTTCTTGGCCAGAAGACCGAATCGCCATCCTCACAATCGGCCCAATCATTTACCCTTCTACGATTTGCGGAGGAGATGAGGAAGGCAAGGAAATTGGGGACTTTGAAGCAGTTCGTAGTTGGGCGAAGCAGCGAGGCGACTTTTGG...
LOC130996956
ATGATCCGATCAATTCTCTCATCTCCCTGCCGCCGGAATCTCTCTCCGTCTAATCTCCGCCGCATCTCTACCACGCCGCATCTCAGCTTCTCATGGATGGACAAGGTCAAAGGAGTTCTTGGCCAGAAGACCGAATCGCCATCCTCACAATCGGCCCAATCATTTACCCTTCTACGATTTGCGGAGGAGATGAGGAAGGCAAGGAAATTGGGGACTTTGAAGCAGTTCGTAGTTGGGCGAAGCAGCGAGGCGACTTTTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057778230.1
MIRSILSSPCRRNLSPSNLRRISTTPHLSFSWMDKVKGVLGQKTESPSSQSAQSFTLLRFAEEMRKARKLGTLKQFVVGRSSEATFGDAFEKQEAIIRYLGGVDPTGEKIETRHKQDAAKQCNCTLTEVENTLAKFTWAKQAQGKLEQLHAEGKPIPTSMAELGKQGSAAEPLFGAQVLGSRWPHNKSSLTSATLTILAYKKELICLIFVLL
XP_057778231.1
MIRSILSSPCRRNLSPSNLRRISTTPHLSFSWMDKVKGVLGQKTESPSSQSAQSFTLLRFAEEMRKARKLGTLKQFVVGRSSEATFGDAFEKQEAIIRYLGGVDPTGEKIETRHKQDAAKQCNCTLTEVENTLAKFTWAKQAQGKLEQLHAEGKPIPTSMAEIQKLMGSSPLDHARSNMAKSGKTSRNSPCPCGSKKLYKRCCGKDKSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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