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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004102

染色体: Chr08 坐标: 49796192-49811912 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004102
名称SmilChr08G004102
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向49796192 - 49811912 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998850
GeneID130998850
locus_tag-
NCBI NameLOC130998850
原始查询SmilChr08G004102

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
产物general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
ArabidopsisAT1G18340 (AT1G18340)
basal transcription factor complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838415]
identity=79.4; qcov=0.523; evalue=9.39e-77; confidence=medium
RiceOs02g0125800
-
identity=75.8; qcov=0.508; evalue=1.41e-68; confidence=medium
GOGO:0000439 (transcription factor TFIIH core complex); GO:0005675 (transcription factor TFIIH holo complex); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03850 (Tfb4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780243.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057780243.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780238.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780238.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780238.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:49798250 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B80,D11
Chr8:49800839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:49801258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B46,B95,C20
Chr8:49801660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B53
Chr8:49801713 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 53 A2,A21,A5,A9,B11,B112,B114,B117,B119,B12,B120,B122,B126,B127,B129,B130,B131,B14,B23,B27,B32,B35,B42,B43,B48,B5,B58,B60,B70,B76,B93,C13,C15,C19,C21,C22,C28,C29,C32,C38,C4,C45,C47,C58,C59,C61,C62,C68,C70,C77,C85,D8,D9
Chr8:49801726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr8:49802149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C69
Chr8:49802156 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B103
Chr8:49802156 GAA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B103
Chr8:49802170 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 24 B102,B11,B111,B138,B140,B20,B28,B29,B40,B50,B6,B64,B81,B91,C26,C28,C29,C34,C44,C50,C72,C81,C84,D2
Chr8:49802197 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B114,C13,C69
Chr8:49802197 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B114,C13,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780238.1
339 aa
N
1
170
339
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-157 aa
XP_057780239.1
339 aa
N
1
170
339
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-157 aa
XP_057780240.1
324 aa
N
1
162
324
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-157 aa
XP_057780241.1
320 aa
N
1
160
320
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-157 aa
XP_057780242.1
320 aa
N
1
160
320
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-157 aa
XP_057780243.1
293 aa
N
1
146
293
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-268 aa
XP_057780245.1
293 aa
N
1
146
293
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-268 aa
XP_057780246.1
293 aa
N
1
146
293
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-268 aa
XP_057780247.1
293 aa
N
1
146
293
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-268 aa
XP_057780248.1
260 aa
N
1
130
260
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 117-235 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780238.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 157 1.1e-28 101.3 Transcription factor Tfb4
XP_057780239.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 157 1.1e-28 101.3 Transcription factor Tfb4
XP_057780240.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 157 9.8e-29 101.5 Transcription factor Tfb4
XP_057780241.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 157 9.4e-29 101.5 Transcription factor Tfb4
XP_057780242.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 157 9.4e-29 101.5 Transcription factor Tfb4
XP_057780243.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 268 2.9e-90 303.3 Transcription factor Tfb4
XP_057780245.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 268 2.9e-90 303.3 Transcription factor Tfb4
XP_057780246.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 268 2.9e-90 303.3 Transcription factor Tfb4
XP_057780247.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 268 2.9e-90 303.3 Transcription factor Tfb4
XP_057780248.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 117 235 2.6e-58 198.5 Transcription factor Tfb4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

25 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093308.1
ATCTAGCTTCTTCTTTAGCGCCGAGACTCTTCATCTTTGCTCACATTCTTCATCTTTTCTTCACTTTGATACTGTTAAATTCTCTTCCATCTTATTCGTATTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATTGTATTTTGCTATCTAGCTAGAGTTTACAAAATATAGTTTGCCTTTTCCCTTTTCACCGGGCGTCGTTGTTTGCTTCTTCCGGTTGCCATTGCCCGCCTCGCTTCACGTCAAAATCAGGCGTAGCCCATTATTT...
XR_009093306.1
ATCTAGCTTCTTCTTTAGCGCCGAGACTCTTCATCTTTGCTCACATTCTTCATCTTTTCTTCACTTTGATACTGTTAAATTCTCTTCCATCTTATTCGTATTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATTGTATTTTGCTATCTAGCTAGAGTTTACAAAATATAGTTTGCCTTTTCCCTTTTCACCGGGCGTCGTTGTTTGCTTCTTCCGGTTGCCATTGCCCGCCTCGCTTCACGTCAAAATCAGGCGTAGCCCATTATTT...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130998850
ATGACCCCTGCCTCATCCAAGCTTTATGCAGATGATGTGAGCCTGTTGATGGTACTAATTGACACGAATCCATTCTTTTGGAACTCGGCTCAATCCATGCTTCCTTTCTCCAAGTTCTTGACCCATGTACTTGCATTTTTGAATTCTATACTTTTGCTGAATCAGATGAACCAAGTGGTTGTCATTGCAGCTGGTTATAATTCTTGTGGCTACATATTTGATTCCTCAGACCCACAGAGCCAAAATCAGCGGGCAGAGGA...
LOC130998850
ATGACCCCTGCCTCATCCAAGCTTTATGCAGATGATGTGAGCCTGTTGATGGTACTAATTGACACGAATCCATTCTTTTGGAACTCGGCTCAATCCATGCTTCCTTTCTCCAAGTTCTTGACCCATGTACTTGCATTTTTGAATTCTATACTTTTGCTGAATCAGATGAACCAAGTGGTTGTCATTGCAGCTGGTTATAATTCTTGTGGCTACATATTTGATTCCTCAGACCCACAGAGCCAAAATCAGCGGGCAGAGGA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057780238.1
MTPASSKLYADDVSLLMVLIDTNPFFWNSAQSMLPFSKFLTHVLAFLNSILLLNQMNQVVVIAAGYNSCGYIFDSSDPQSQNQRAEDLLDKLEEFVDNDQELCREQSVDGPGFSLLSGSLSMALCYIQRVFRTVLLHPQPRILCLHGSQDGPGQYICSNHEFDFLCSAINGSYRCMRDRSSTLCFPTAGFLYNWWCISEAADIGRIVSVSFGVSATKTQLIWATFALFVYLYSASIRRNVLPVDQCLVRPKHRTPRQHRT...
XP_057780239.1
MTPASSKLYADDVSLLMVLIDTNPFFWNSAQSMLPFSKFLTHVLAFLNSILLLNQMNQVVVIAAGYNSCGYIFDSSDPQSQNQRAEDLLDKLEEFVDNDQELCREQSVDGPGFSLLSGSLSMALCYIQRVFRTVLLHPQPRILCLHGSQDGPGQYICSNHEFDFLCSAINGSYRCMRDRSSTLCFPTAGFLYNWWCISEAADIGRIVSVSFGVSATKTQLIWATFALFVYLYSASIRRNVLPVDQCLVRPKHRTPRQHRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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