Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004104`

染色体: Chr08 坐标: 49817469-49819788 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004104`
名称	SmilChr08G004104
描述	uncharacterized SmilChr08G004104
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49817469 - 49819788 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998854`
GeneID	`130998854`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998854`
原始查询	`SmilChr08G004104`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828237]; symbol=AT4G21520; hit=AT4G21520; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828237]; symbol=AT4G21520; hit=AT4G21520; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G21520` (AT4G21520) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828237] identity=80; qcov=0.78; evalue=5.28e-85; confidence=high
Rice	`Os03g0738000` (OsWD40-88) - identity=79.3; qcov=0.78; evalue=1.86e-78; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780263.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057780263.1`
3	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780264.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057780263.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780263.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49818061`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,C17,C74,D3
`Chr8:49818081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:49818710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,B88
`Chr8:49818726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr8:49818856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A20,B19,C24,C62,C78,C85,D7
`Chr8:49818862`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780263.1

188 aa

188

WD40

PF00400 WD40 70-108 aa

XP_057780264.1

186 aa

186

WD40

PF00400 WD40 70-108 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780263.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	70	108	1.4e-10	41.9	WD domain, G-beta repeat
`XP_057780264.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	70	108	1.8e-10	41.6	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924280.1
GGGTATTTTTTCTACAGAGTATCTTGTGATTAAGTAGATTATCATGTAGATTTATTGACGCGTGCTTGATAATTTCTGATCATGATATTTGCTGGATACAATAAAGCTATCAGAATTTTTGAGGTTCATCGCCCAGGGAGAGATTTTGAACAACACTCGACTGTTTTAGGAAACAAAGAAGGCCAATCAGGTATTATATCTTCTATTGCTTTTTCCCCCACTTCTTCTGGTATGCTGGCTGTGGGCTCCTACAACCAGAC...

XM_057924281.1
GGGTATTTTTTCTACAGAGTATCTTGTGATTAAGTAGATTATCATGTAGATTTATTGACGCGTGCTTGATAATTTCTGATCATGATATTTGCTGGATACAATAAAGCTATCAGAATTTTTGAGGTTCATCGCCCAGGGAGAGATTTTGAACAACACTCGACTGTTTTAGGAAACAAAGAAGGCCAATCAGGTATTATATCTTCTATTGCTTTTTCCCCCACTTCTTCTGGTATGCTGGCTGTGGGCTCCTACAACCAGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130998854
ATGATATTTGCTGGATACAATAAAGCTATCAGAATTTTTGAGGTTCATCGCCCAGGGAGAGATTTTGAACAACACTCGACTGTTTTAGGAAACAAAGAAGGCCAATCAGGTATTATATCTTCTATTGCTTTTTCCCCCACTTCTTCTGGTATGCTGGCTGTGGGCTCCTACAACCAGACTACTGCTATATACAGAGAAGACAATATGGAACTGCTGTATGTGTTGCATGGCCAAGAAGGTGGGGTTACACAAGTTCAGTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057780263.1
MIFAGYNKAIRIFEVHRPGRDFEQHSTVLGNKEGQSGIISSIAFSPTSSGMLAVGSYNQTTAIYREDNMELLYVLHGQEGGVTQVQFSKDGNYLYSGGRKDPYILCWDIRKTVDIVYKLYRSSESTNQRIQFAIEPLGRYLGTGGQGQLLLTWLLEKSPQMFIQELLRGMLLSKREEDQDEDEREGSL

XP_057780264.1
MIFAGYNKAIRIFEVHRPGRDFEQHSTVLGNKEGQSGIISSIAFSPTSSGMLAVGSYNQTTAIYREDNMELLYVLHGQEGGVTQVQFSKDGNYLYSGGRKDPYILCWDIRKTVDIVYKLYRSSESTNQRIQFAIEPLGRYLGTGGQLLLTWLLEKSPQMFIQELLRGMLLSKREEDQDEDEREGSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器