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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004107`

染色体: Chr08 坐标: 49843144-49846268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004107`
名称	SmilChr08G004107
描述	uncharacterized SmilChr08G004107
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49843144 - 49846268 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998610`
GeneID	`130998610`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998610`
原始查询	`SmilChr08G004107`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=56.6; qcov=0.14; evalue=1.51e-43; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=38; qcov=0.94; evalue=0; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF08284 (RVP_2); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998610

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780007.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057780007.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057780007.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780007.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780007.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49843144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B140,C37,C57,C69
`Chr8:49843156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B140
`Chr8:49843177`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B55,B99
`Chr8:49843206`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	30	A1,A20,B101,B107,B108,B109,B120,B139,B2,B3,B47,B5,B50,B56,B58,B60,B8,B83,B95,B96,B97,C22,C25,C39,C41,C48,C56,C59,C77,C79
`Chr8:49843260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B81,C30
`Chr8:49843299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:49843306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,C33,C5
`Chr8:49843320`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr8:49843367`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,C54
`Chr8:49843377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B22,B60,B85,D11
`Chr8:49843457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B41,B71,B89,C70
`Chr8:49843529`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	57	A21,A22,A24,A5,A6,B100,B110,B117,B120,B122,B126,B127,B129,B130,B131,B17,B23,B3,B32,B35,B43,B46,B5,B56,B60,B64,B65,B70,B74,B76,B93,B97,B99,C11,C12,C13,C16,C19,C2,C21,C28,C3,C32,C38,C39,C45,C47,C5,C56,C61,C62,C69,C70,C77,C82,C87,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780007.1

924 aa

462

924

Ty3_capsid

RVP_2

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF19259 Ty3_capsid 123-244 aa PF08284 RVP_2 362-460 aa PF00078 RVT_1 612-772 aa PF17919 RT_RNaseH_2 834-922 aa PF17917 RT_RNaseH 859-923 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780007.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	123	244	2.3e-12	47.5	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057780007.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	362	460	1.9e-07	31.7	Retroviral aspartyl protease
`XP_057780007.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	612	772	5.4e-36	125.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057780007.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	834	922	4.5e-27	94.7	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057780007.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	859	923	1.5e-16	61.1	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924024.1
CGAATGGGATATGAGAGATGAGCTGTGAGAGAAGTCTCTAGAAGGGACACGTGTTGAAAAGTTAGTTGTGAGTATGTTAGTTTACTATAAATAGTGGGATAGCAGATTGGAATGGCAGTTTTTGGCTGAATCTCTAATTGGTTTCATTATTTTTCAATAAACATTCCTCTTCTTAGCTTCAATGTCTCGTCTCGTCGTAACTTGCACACGAGCACTCAAATTGATTTTGTTGCAGGCAACTCTTCAATAAATTCAACGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998610
ATGCCGCGAAAACCATCGAAGATGGAAAGCAGAATTGAACGTGTAGAAGGTCAACTTGGAGAGATGAAGGAGGATTTATCTTCAGTAAAAACTGATATTGCGTCGGTTAAGGGTGACCTATCAGCTATGATGAAGTTGATGAAAGAGCAATTAGAGGAGATGCGTAGAGAATCCAAAGGGAAGCACACCATGAATGATGACCGAAGGCATGAGAGCGAGATGTCAGGGCATAGTAAAGGTAAATCTCACTCTCAAAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780007.1
MPRKPSKMESRIERVEGQLGEMKEDLSSVKTDIASVKGDLSAMMKLMKEQLEEMRRESKGKHTMNDDRRHESEMSGHSKGKSHSQNSGSSQSRMPRIDFPKFLGENPMQWIRQCNKYFVINPLSDVDKILTAALYMEGNADLWYLEYVEGLDGLTWEEFSCLVVERFTNLEEKNLVAQFNKLKQDSDVMSYTLKFEELKAFMVGDNREDYFVKSYLSGLKDEISNMVEMFNPRTLGQAIKLAKRQELQLLSLGRGPKQVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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