Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004119`

染色体: Chr08 坐标: 50037269-50041848 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004119`
名称	SmilChr08G004119
描述	aspartic proteinase 36-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	50037269 - 50041848 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998868`
GeneID	`130998868`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998868`
原始查询	`SmilChr08G004119`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aspartic proteinase 36-like
产物	aspartic proteinase 36-like
Arabidopsis	`AT5G43100` (AT5G43100) Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834326] identity=58.6; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0592200` (OsAP65) - identity=63.1; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00026 (Asp); PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057780274.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057780274.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780274.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780274.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780274.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:50037662`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B45
`Chr8:50037662`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B45
`Chr8:50037742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,C48,C9,D2
`Chr8:50038375`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B74
`Chr8:50038375`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B74
`Chr8:50038380`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr8:50039348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:50039372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,D11
`Chr8:50039414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:50039421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:50039843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr8:50039998`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780274.1

650 aa

325

650

TAXi_N

Asp

TAXi_C

PF14543 TAXi_N 90-254 aa PF00026 Asp 90-427 aa PF14541 TAXi_C 274-427 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780274.1`	Pfam	`PF14543`	TAXi_N	Domain	90	254	6.3e-36	124.9	Xylanase inhibitor N-terminal
`XP_057780274.1`	Pfam	`PF00026`	Asp	Domain	90	427	9.9e-35	121.2	Eukaryotic aspartyl protease
`XP_057780274.1`	Pfam	`PF14541`	TAXi_C	Domain	274	427	6.7e-29	101.5	Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924291.1
TACAAATTTTGCTTAAATTTCGACTGAAAAAAAAACATACAAAGTCAACTTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTAGAAAATCTCTTCCACATTACAGCGGGATCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCCCTCTTCTGCTCTCTCTCTTCCTCCGCCGGCAGACCACCGGTGCAGCGCAATCGATCAACGGTGGCCCCCGCCCCAGCCTTAAGAAATGGCTTGGGTACTAACTCTCGCCATCCTCTTCTTCACCACCGCCGTCTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998868
ATGGCTTGGGTACTAACTCTCGCCATCCTCTTCTTCACCACCGCCGTCTCCGCCGCTGTATCTCGATCGAATTCTCCGCATCTCCATTCGATTGCGTTCGTCAATAACACGAGTAGTAGAGGCAACGCCATGATCTTGCCACTGTTTTTCAAGCAGCGCAACAGCCACCGCCTCAAGGAGGACTTTTTCTCCCGTCGCCATCTCCACGCGCGCACCATTCCCAACGCTCGCATGCCTCTCCACGACGATCTCCTCCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780274.1
MAWVLTLAILFFTTAVSAAVSRSNSPHLHSIAFVNNTSSRGNAMILPLFFKQRNSHRLKEDFFSRRHLHARTIPNARMPLHDDLLLNGYYTTRLWIGTPPQRFALIVDTGSTVTYVPCSTCEQCGKHQDPRFQPDLSSTYEPLKCNIDCTCDTDREQCIYERQYAEMSSSSGVLGVDIISFGNLSDLEPQRATFGCENMETGDLYNQHADGIMGLGRGDLSIVDQLVEKGVISDSFSLCYGGMDVGGGSMVLGGISPPNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器