Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004124`

染色体: Chr08 坐标: 50090196-50094262 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G004124`
名称	SmilChr08G004124
描述	serine/threonine-protein kinase EDR1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	50090196 - 50094262 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998872`
GeneID	`130998872`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130998872`
原始查询	`SmilChr08G004124`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase EDR1-like
产物	serine/threonine-protein kinase EDR1-like
拟南芥	`AT1G08720` (EDR1) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837393] identity=87.13; qcov=0.819; evalue=1.13e-176; confidence=high
水稻	`Os03g0160100` (ACDR1) - identity=83.84; qcov=0.895; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998872

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞膜	1.00000	`SmilChr08G004124.2`
2	细胞质	0.80000	`SmilChr08G004124.1`
3	细胞质基质	0.80000	`SmilChr08G004124.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:50090539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B10,B26,C12
`Chr8:50091775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G004124.1

来源蛋白: XP_057780278.1

345 aa

172

345

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-314 aa PF00069 Pkinase 54-313 aa

SmilChr08G004124.2

来源蛋白: XP_057780279.1

332 aa

166

332

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 52-301 aa PF00069 Pkinase 54-300 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G004124.1` XP_057780278.1	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	52	314	4e-59	200.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`SmilChr08G004124.1` XP_057780278.1	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	54	313	3.7e-48	164.9	Protein kinase domain
`SmilChr08G004124.2` XP_057780279.1	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	52	301	2.9e-63	214.3	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`SmilChr08G004124.2` XP_057780279.1	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	54	300	7e-52	177.1	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924296.1
CTGTGGTACAGAATGATCTTCCAAATGAAGCTGGAAAAATGCAATTTTCAAAGAATAATATTATCACTGGCCGCCCTCCTTCACCTTTGATGTGGAAAAATCGCCATGCGTGGAATGAGGTCCCTAAGGAAAACGAATCTGGTTTTCTAGAAGGATCATTTGGGAAGAACAATACAGTATCTAATAAAGGGAATGCACCATCAGTCGTTTCCGGAAGTTCAAAACCACCAGCCAAAGCCTCTAAATTTCCTGAAAAACCT...

XM_057924295.1
CTGTGGTACAGAATGATCTTCCAAATGAAGCTGGAAAAATGCAATTTTCAAAGAATAATATTATCACTGGCCGCCCTCCTTCACCTTTGATGTGGAAAAATCGCCATGCGTGGAATGAGGTCCCTAAGGAAAACGAATCTGGTTTTCTAGAAGGATCATTTGGGAAGAACAATACAGTATCTAATAAAGGGAATGCACCATCAGTCGTTTCCGGAAGTTCAAAACCACCAGCCAAAGCCTCTAAATTTCCTGAAAAACCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G004124.2 (XP_057780279.1)
ATGAGGACAAGAAAATATGCCCGACAGATAAGCATGGGAAATATGAAAATGACGGGAAATGAAGGTGCTAGCCATTTACTCAATCTTGGTGGTAATTATGCTGATACAGAGATTGATGATGTTGGTGAATGTGAAATCGTCTGGGAAGATCTTGTCCTCGGTGAAAGGATTGGACTAGGTTCCTATGGAGAGGTCTACCATGCTGATTGGAATGGCACTGAAGTTGCTGTGAAGAAGTTTCTTGACCAGGATTTCTCAGG...

SmilChr08G004124.1 (XP_057780278.1)
ATGAGGACAAGAAAATATGCCCGACAGATAAGCATGGGAAATATGAAAATGACGGGAAATGAAGGTGCTAGCCATTTACTCAATCTTGGTGGTAATTATGCTGATACAGAGATTGATGATGTTGGTGAATGTGAAATCGTCTGGGAAGATCTTGTCCTCGGTGAAAGGATTGGACTAGGTTCCTATGGAGAGGTCTACCATGCTGATTGGAATGGCACTGAAGTTGCTGTGAAGAAGTTTCTTGACCAGGATTTCTCAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G004124.1 (XP_057780278.1)
MRTRKYARQISMGNMKMTGNEGASHLLNLGGNYADTEIDDVGECEIVWEDLVLGERIGLGSYGEVYHADWNGTEVAVKKFLDQDFSGAALDEFKREVRIMRRLRHPNIVLFMGAVTRPPNLSIITEFLPRGPQSFLCHCLFSSGSLYRIIHRPHCQIDEKMRIKMALDVAKGMNCLHTSMPTIVHRDLKSPNLLVDNNWNVKVGDFGLSRLKHNTFLSSKSTAGTPEWMAPEVLRNEPSNEKCDVYSFGIILWELATLKL...

SmilChr08G004124.2 (XP_057780279.1)
MRTRKYARQISMGNMKMTGNEGASHLLNLGGNYADTEIDDVGECEIVWEDLVLGERIGLGSYGEVYHADWNGTEVAVKKFLDQDFSGAALDEFKREVRIMRRLRHPNIVLFMGAVTRPPNLSIITEFLPRGSLYRIIHRPHCQIDEKMRIKMALDVAKGMNCLHTSMPTIVHRDLKSPNLLVDNNWNVKVGDFGLSRLKHNTFLSSKSTAGTPEWMAPEVLRNEPSNEKCDVYSFGIILWELATLKLPWSGMNPMQVVGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器