Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004125`

染色体: Chr08 坐标: 50100211-50103895 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004125`
名称	SmilChr08G004125
描述	uncharacterized SmilChr08G004125
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	50100211 - 50103895 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998875`
GeneID	`130998875`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998875`
原始查询	`SmilChr08G004125`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	myelin-associated oligodendrocyte basic protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841894]; symbol=AT1G54520; hit=AT1G54520; species=arabidopsis; confidence=high
产物	myelin-associated oligodendrocyte basic protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841894]; symbol=AT1G54520; hit=AT1G54520; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G54520` (AT1G54520) myelin-associated oligodendrocyte basic protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841894] identity=61.4; qcov=1.04; evalue=8.66e-144; confidence=high
Rice	`Os03g0695500` - identity=71.7; qcov=0.734; evalue=1.98e-130; confidence=high
GO	GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	-
Pfam	PF07466 (DUF1517)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057780281.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057780281.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057780281.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057780281.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780281.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:50102298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr8:50103182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr8:50103273`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:50103342`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:50103347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr8:50103372`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B118
`Chr8:50103372`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B118
`Chr8:50103380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr8:50103509`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B38
`Chr8:50103582`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B99,C8,C83,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780281.1

380 aa

190

380

DUF1517

PF07466 DUF1517 198-380 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780281.1`	Pfam	`PF07466`	DUF1517	Family	198	380	5.5e-71	239.1	Protein of unknown function (DUF1517)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924298.1
ACCCAGACAGTCGGTGGGGTCCCAATTAGGTAGTTTCATGGAGTATTTGGGTTGCTGCTGATTTCCCACCATAATTTTATCTGGTTTCAATTGCGCCCCTTGGCTTCAATCAATCAACTCTACACTTATCATCGCCATTCCCTCTCTATCTCCACCAATTACTGTTTCATTAATTCGCATCACCCATGGCCTCCGCCCCCACCATTTTCTTGCAAGAACCCAGCTTTAAATGGAAATACTCTCCCCAATTGCCCACCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998875
ATGGCCTCCGCCCCCACCATTTTCTTGCAAGAACCCAGCTTTAAATGGAAATACTCTCCCCAATTGCCCACCCAAAACCACCTGCCCCACAATCACCTCAAGTTCCGCAAAAATTTGAAAAAACTCAGCATCAATTGCTTCTTCACCGCCGATCGACGCGTTGGCAAGATTGCCTTGGGGAAATTGGAAATCAAGCAAAACCCAGCTGAAATCGTGGCCGAAACAATCGCGAATATGCTCAAGGCGCTGCGGAAACCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780281.1
MASAPTIFLQEPSFKWKYSPQLPTQNHLPHNHLKFRKNLKKLSINCFFTADRRVGKIALGKLEIKQNPAEIVAETIANMLKALRKPAAAAVVVGLLLMYDPNSALAASGGRMGGRSFSSRSAAPSQSYSTPRMGAGSGFSFSAPYYAPSPFGGVYVGPAVGVGSSFSLIMIAFVAFVLVSGFLSEGSQGSVLTATDKTTVLKLQVGLLGLGRSLQKDLNRIAEIADTSTSEGLHYVLTETVLALLRHPDYCISGYSSVDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器