Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004132

染色体: Chr08 坐标: 50240699-50244579 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004132
名称SmilChr08G004132
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向50240699 - 50244579 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998881
GeneID130998881
locus_tag-
NCBI NameLOC130998881
原始查询SmilChr08G004132

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1
产物leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1
ArabidopsisAT5G65700 (BAM1)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836699]
identity=57.2; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0233800 (OsRLCK320)
-
identity=58.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780287.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780287.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780287.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780287.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780287.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:50241445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C1
Chr8:50241481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B24,B26,B91
Chr8:50241607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B24,B26,B91
Chr8:50241658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,D6
Chr8:50241673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:50241924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:50241958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:50242190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr8:50242376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B120,C48
Chr8:50242573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:50242636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:50242651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780287.1
967 aa
N
1
484
967
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 23-61 aa PF00560 LRR_1 111-127 aa PF00560 LRR_1 184-205 aa PF00560 LRR_1 232-253 aa PF13855 LRR_8 330-385 aa PF00560 LRR_1 352-372 aa PF00560 LRR_1 453-471 aa PF00560 LRR_1 474-496 aa PF00560 LRR_1 501-520 aa PF00560 LRR_1 522-543 aa PF00560 LRR_1 547-568 aa PF00069 Pkinase 679-945 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 679-947 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780287.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 23 61 1e-09 39.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 111 127 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 184 205 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 232 253 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 330 385 7.7e-34 116.0 Leucine rich repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 352 372 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 453 471 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 474 496 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 520 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 522 543 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 547 568 2.9e-46 146.1 Leucine Rich Repeat
XP_057780287.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 679 945 3.5e-42 145.3 Protein kinase domain
XP_057780287.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 679 947 3.2e-42 145.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924304.1
TAATTGATTACATTAACCCCACCATTTTTATTTATTTTTTAATTTTTTTAGATATATATCGATGAAGAAGACGACCATGGCTATGATATATATTTATCAGAAATGAGTGAGCCAGCTCAGCCATTTCTTGATTGCTCAAAGTGCAATTTCATCACCTCCCACTCAAAAGTGAAAGAAAAAAGCAAAGAAAAAAACTATATTTTGATATCTCTTCGTTTAAAGATATGAAAGTGTGACATTGTAATTTGAATAAAGAGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998881
ATGGTGCCCCTCATTGCTCTACTACTAATAGCAAACACCTTCTTCGTCTCCTCCTCCACCCTCATATCCGACTTCCACGCGCTGATCGCGTTGAAGCAAGGGTTCGAGTCCCCAAACCCGGCGATCAGCGCGTGGAACTCCTCAAACCCCACCTCAATCTGCTCGTGGCCCGGCGTGAGATGCCTCCACGGCAGGGTGGCGTCTCTCGACCTCTCCAACATGGCGCTGTACGGCTCCGTCTCCCCCGACATTTCAAGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780287.1
MVPLIALLLIANTFFVSSSTLISDFHALIALKQGFESPNPAISAWNSSNPTSICSWPGVRCLHGRVASLDLSNMALYGSVSPDISRLDRLVELSLDGNNFTGEIKLDTMSSLRFLNLSNNQFSGGLDWNYSTLPNLQVFDVYNNNLSSALPLGVVELSKLKHLELGGNFFYGSIPPSYGELAGLEYLSLSGNNLQGRIPRELGNLTSLKEIYLGYFNVFEGGIPREFGKMMNLEHIDLSSCDLDGLIPPELGNIKSLNTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器