当前解析结果
SmilChr08G004146| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004146 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004146 |
| 描述 | glyoxylase I 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 50557212 - 50559757 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998890 |
|---|---|
| GeneID | 130998890 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998890 |
| 原始查询 | SmilChr08G004146 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glyoxylase I 4-like |
| 产物 | glyoxylase I 4-like |
| Arabidopsis | AT1G80160 (GLYI7)Lactoylglutathione lyase / glyoxalase I family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844356] identity=64; qcov=0.654; evalue=7.86e-61; confidence=high |
| Rice | Os05g0171900 (OsGLYI6)- identity=59.2; qcov=0.707; evalue=1.78e-60; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00903 (Glyoxalase); PF13669 (Glyoxalase_4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998890 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057780300.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057780300.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780300.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780300.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780300.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:50557711 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr8:50557781 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:50557889 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr8:50557921 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr8:50559406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780300.1PF00903
Glyoxalase 32-148 aa
PF13669
Glyoxalase_4 33-129 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780300.1 |
Pfam | PF00903 |
Glyoxalase | Domain | 32 | 148 | 6.9e-13 | 49.8 | Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily |
XP_057780300.1 |
Pfam | PF13669 |
Glyoxalase_4 | Family | 33 | 129 | 1.1e-08 | 36.0 | Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。