Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004147`

染色体: Chr08 坐标: 50630630-50636304 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004147`
名称	SmilChr08G004147
描述	uncharacterized SmilChr08G004147
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	50630630 - 50636304 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998623`
GeneID	`130998623`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998623`
原始查询	`SmilChr08G004147`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G31430` (AT3G31430) zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822909] identity=26; qcov=0.588; evalue=7.73e-12; confidence=low
Rice	`Os12g0156200` - identity=31.3; qcov=0.715; evalue=5.61e-29; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780018.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057780018.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057780018.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780018.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780018.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:50635391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr8:50635452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:50635453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C87
`Chr8:50635464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,B54,C9
`Chr8:50635469`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	24	A1,A23,A6,B110,B112,B124,B135,B21,B25,B3,B47,B5,B55,B59,B63,B65,C3,C52,C55,C64,C66,C7,C9,D2
`Chr8:50635505`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B110,B65
`Chr8:50635505`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B110,B65
`Chr8:50635508`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B110,B65
`Chr8:50635508`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B110,B65
`Chr8:50635538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:50635555`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B79
`Chr8:50635561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780018.1

340 aa

170

340

DUF4283

zf-CCHC_4

PF14111 DUF4283 77-155 aa PF14392 zf-CCHC_4 213-260 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780018.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	77	155	6.5e-12	45.7	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057780018.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	213	260	1e-11	45.0	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924035.1
ATGCCCGGACCATATGGCTTGAAGTACATGTCTCAAGCAGACGGACTTCACCTGTTCTTCAGGAGAGCTTCTCATCTTTTTGTGAAGCTTCCATGTGGTAAGGAATTTGGTGGATCTTCGAAGGATCATGGGTACGCAACTAGGCCGAAAGAGCGTACTGCAAATGAGGCCGAAATTCTCCAGATCCCAGGGGATCTATGGAATGAGGGAGATAAATCTGAACAAGCTTCACATGATCTTGTGGGGCGTCTGATATGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998623
ATGCCCGGACCATATGGCTTGAAGTACATGTCTCAAGCAGACGGACTTCACCTGTTCTTCAGGAGAGCTTCTCATCTTTTTGTGAAGCTTCCATGTGGTAAGGAATTTGGTGGATCTTCGAAGGATCATGGGTACGCAACTAGGCCGAAAGAGCGTACTGCAAATGAGGCCGAAATTCTCCAGATCCCAGGGGATCTATGGAATGAGGGAGATAAATCTGAACAAGCTTCACATGATCTTGTGGGGCGTCTGATATGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780018.1
MPGPYGLKYMSQADGLHLFFRRASHLFVKLPCGKEFGGSSKDHGYATRPKERTANEAEILQIPGDLWNEGDKSEQASHDLVGRLICPKPSNGFHLLEIMKKSWKTKGEFIAREWKKNLYLFSFANQEDREWVIQHQPWHFDGYLFAIAPLDGAIQPSYIQITKCNLWVRVYDLSMRCLNPVILRNIVAQVGNVVEVDTKANFSGCFARFRVELDITTPLMHDITIYFGGKNLWIPLKYENLPTFCYKCGVMGHHTRACEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器