Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004149

染色体: Chr08 坐标: 50674204-50680448 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004149
名称SmilChr08G004149
描述embryogenesis-associated protein EMB8-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向50674204 - 50680448 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998891
GeneID130998891
locus_tag-
NCBI NameLOC130998891
原始查询SmilChr08G004149

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述embryogenesis-associated protein EMB8-like
产物embryogenesis-associated protein EMB8-like
ArabidopsisAT1G34340 (AT1G34340)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840335]
identity=60.5; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0871100
-
identity=61.5; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
GOGO:0034338 (short-chain carboxylesterase activity); GO:0044255 (GO:0044255); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057780303.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057780303.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057780301.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780301.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780301.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:50676782 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C1
Chr8:50676806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B35,C57
Chr8:50677489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:50678690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr8:50680269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr8:50680339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:50680367 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780301.1
541 aa
N
1
270
541
Abhydrolase_1
Hydrolase_4
C
PF00561 Abhydrolase_1 157-398 aa PF12146 Hydrolase_4 158-392 aa
XP_057780303.1
431 aa
N
1
216
431
Abhydrolase_1
Hydrolase_4
C
PF00561 Abhydrolase_1 157-398 aa PF12146 Hydrolase_4 158-392 aa
XP_057780304.1
431 aa
N
1
216
431
Abhydrolase_1
Hydrolase_4
C
PF00561 Abhydrolase_1 157-398 aa PF12146 Hydrolase_4 158-392 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780301.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 157 398 6.1e-10 39.9 alpha/beta hydrolase fold
XP_057780301.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 158 392 4.1e-12 46.7 Serine aminopeptidase, S33
XP_057780303.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 157 398 3.5e-10 40.7 alpha/beta hydrolase fold
XP_057780303.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 158 392 2.4e-12 47.4 Serine aminopeptidase, S33
XP_057780304.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 157 398 3.5e-10 40.7 alpha/beta hydrolase fold
XP_057780304.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 158 392 2.4e-12 47.4 Serine aminopeptidase, S33

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924318.1
TTAAGTGGTTGCTACGTCGGCTATGCAGCAACGGTAAATAGTGTATCAAGCTGTCAACTGTCAATACCATCCACGTGTAATATTTTTATTGGCTGTCAGTGAGTCAACTCAGCGATGCTTAAACATAATCGGGCGTAGCGTAATGTTTTAGTTACCGGAAAACTACTTTCACTTCTTCCCTCTCAATTTTCACACAGAACACGCACTGCGCGTGACTCTGTGTGTGTATATAGAATCGGCTATTCGGTATTTCCGATTAA...
XM_057924320.1
TAAACATAATCGGGCGTAGCGTAATGTTTTAGTTACCGGAAAACTACTTTCACTTCTTCCCTCTCAATTTTCACACAGAACACGCACTGCGCGTGACTCTGTGTGTGTATATAGAATCGGCTATTCGGTATTTCCGATTAATCGACGACGATAATGGAATTAACTAATACGGTAGAGTTTACGGCGGTGGAGTCTCCGTTAGAGATGCTGCTGACGGCGGCGTCGTTGATACCGATTACTCTTCCTCTATTCGGGATTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130998891
ATGGAATTAACTAATACGGTAGAGTTTACGGCGGTGGAGTCTCCGTTAGAGATGCTGCTGACGGCGGCGTCGTTGATACCGATTACTCTTCCTCTATTCGGGATTTCGTTGATCTTAATCGTTTTCCTCTACAAATTTCTCGAGATTCATTTCCTGCAAGACCTTTTCTCCGGATTCAGGGGGCAGCCGGTGGTTTTGACTTTCGATCCTTGCTCTCAACTCTACCACGACGTCGTTTCCAAGTGTAAAATTCTTCATGG...
LOC130998891
ATGGAATTAACTAATACGGTAGAGTTTACGGCGGTGGAGTCTCCGTTAGAGATGCTGCTGACGGCGGCGTCGTTGATACCGATTACTCTTCCTCTATTCGGGATTTCGTTGATCTTAATCGTTTTCCTCTACAAATTTCTCGAGATTCATTTCCTGCAAGACCTTTTCTCCGGATTCAGGGGGCAGCCGGTGGTTTTGACTTTCGATCCTTGCTCTCAACTCTACCACGACGTCGTTTCCAAGTGTAAAATTCTTCATGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780301.1
MELTNTVEFTAVESPLEMLLTAASLIPITLPLFGISLILIVFLYKFLEIHFLQDLFSGFRGQPVVLTFDPCSQLYHDVVSKCKILHGRYLATPWLCSPHLQTTFVHYFGNPPAIGYRRQIFVTSDGGTLALDWVKNALVKDQAFQVDGPVQKDGENPILIIVPGLTSASDSAYVKHLAFIMAKRGWNVVVSNHRGLGGVSITSDCFYNGGWTEDVRKVIDHIHCQYPGAPLYVVGTSIGANILIKYLAEEGMDAPLVGAA...
XP_057780303.1
MELTNTVEFTAVESPLEMLLTAASLIPITLPLFGISLILIVFLYKFLEIHFLQDLFSGFRGQPVVLTFDPCSQLYHDVVSKCKILHGRYLATPWLCSPHLQTTFVHYFGNPPAIGYRRQIFVTSDGGTLALDWVKNALVKDQAFQVDGPVQKDGENPILIIVPGLTSASDSAYVKHLAFIMAKRGWNVVVSNHRGLGGVSITSDCFYNGGWTEDVRKVIDHIHCQYPGAPLYVVGTSIGANILIKYLAEEGMDAPLVGAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器