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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004172

染色体: Chr08 坐标: 51064618-51066460 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004172
名称SmilChr08G004172
描述hydroquinone glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向51064618 - 51066460 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998908
GeneID130998908
locus_tag-
NCBI NameLOC130998908
原始查询SmilChr08G004172

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydroquinone glucosyltransferase-like
产物hydroquinone glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT4G01070 (GT72B1)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827912]
identity=55.4; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0599200
-
identity=47.9; qcov=0.992; evalue=1.41e-142; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780328.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780328.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780328.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780328.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780328.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:51065026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:51065034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:51065036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:51065055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:51065216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C8,C87,D7
Chr8:51065238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:51065253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:51065384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B37,C31,C65
Chr8:51065414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:51065428 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B28,B40,B74,C32
Chr8:51065428 AG A 1bp_deletion CDS_variant 4 B28,B40,B74,C32
Chr8:51065564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780328.1
472 aa
N
1
236
472
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 246-397 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780328.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 246 397 3.6e-23 82.9 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924345.1
AATTAAGAGATGATTAGTTTAATGAGTGAGAAGTAGTACGATTTATTCGAGCAGTTGAAGAAAAACAGCCCATCCCCACGTATCTATCTCTATATATACACAATTACAATACACACACCCCTCAACTGGTCATCAAAAAGTTATCCCTCCATAATTACCCAATCTTCTCTCTCTCTCTCTCACCTCCATCCATCCATGGATTCCACCACCCCTTCCCACATCGCCATCCTCCCCACCCCCGGCATGGGCCACCTCATCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998908
ATGGATTCCACCACCCCTTCCCACATCGCCATCCTCCCCACCCCCGGCATGGGCCACCTCATCCCCCTCGGCGAGTTCGCCAAGAAGCTCCACCGCCTCCACGGCCTCACCGCCACCTTCATCCTCCCCACCGACGGCCCCCTCTCCTCCGCCCAGTCCGCCTTCTTCGCCGCCCTCCCCCCCGCCGTCGACCACCTCCTCCTCCCCCCCGTCTCCTTCCACGACCTCCCCCCCGACGTCAAGATCGAGACCCGCATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780328.1
MDSTTPSHIAILPTPGMGHLIPLGEFAKKLHRLHGLTATFILPTDGPLSSAQSAFFAALPPAVDHLLLPPVSFHDLPPDVKIETRISLTITRSLPEIRRSLAALHGSRRLAALVVDLFGTDAFDAARDLHIPSYIFYPSTSMALSMFLNLPDLHNAFSGEYRDLPEKIKFPGCTPLHGGDLFDPAQDRNNEAYKWAIHHMKRYRLADGIVLNSFKELEPGPIEYLLREEEGKPRVYPIGPVINMDSKPEDDGPCPCSNWL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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