Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004178

染色体: Chr08 坐标: 51130185-51130517 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004178
名称SmilChr08G004178
描述uncharacterized SmilChr08G004178
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向51130185 - 51130517 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998632
GeneID130998632
locus_tag-
NCBI NameLOC130998632
原始查询SmilChr08G004178

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825339]; symbol=AT3G61660; hit=AT3G61660; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825339]; symbol=AT3G61660; hit=AT3G61660; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G61660 (AT3G61660)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825339]
identity=57.1; qcov=0.382; evalue=3.92e-12; confidence=low
RiceOs01g0656300
-
identity=52.6; qcov=0.345; evalue=1.16e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998632

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780028.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780028.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780028.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780028.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:51130314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C82
Chr8:51130347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:51130358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924045.1
ATGAATAGAAATAAAGAGGAAGAAGACGATGAGAAATGGTTGAAGATTTGGGATTGTGGGAGCCCTTTATATGATGCATATGAATTGGTTGCAGTGAGCCATGTTGTCGAGAGGAACTGCATGATTCTGCCTTATCTCAGTGGATCGAGAAACGATGACGTGGCGGATTCGTGCTCGTCGGAGAAGGCGGTCGAGACGACGTCGGAGAGGCCGTCGGTGATGGGTTTCTTCTGCAGGAACGTGTGGAAGAGGAAGAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998632
ATGAATAGAAATAAAGAGGAAGAAGACGATGAGAAATGGTTGAAGATTTGGGATTGTGGGAGCCCTTTATATGATGCATATGAATTGGTTGCAGTGAGCCATGTTGTCGAGAGGAACTGCATGATTCTGCCTTATCTCAGTGGATCGAGAAACGATGACGTGGCGGATTCGTGCTCGTCGGAGAAGGCGGTCGAGACGACGTCGGAGAGGCCGTCGGTGATGGGTTTCTTCTGCAGGAACGTGTGGAAGAGGAAGAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780028.1
MNRNKEEEDDEKWLKIWDCGSPLYDAYELVAVSHVVERNCMILPYLSGSRNDDVADSCSSEKAVETTSERPSVMGFFCRNVWKRKRDGERDHKVKRHKISGISKIFAWRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器