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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004179

染色体: Chr08 坐标: 51133439-51137686 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004179
名称SmilChr08G004179
描述jasmonoyl--L-amino acid synthetase JAR6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向51133439 - 51137686 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998915
GeneID130998915
locus_tag-
NCBI NameLOC130998915
原始查询SmilChr08G004179

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述jasmonoyl--L-amino acid synthetase JAR6
产物jasmonoyl--L-amino acid synthetase JAR6
ArabidopsisAT2G46370 (JAR1)
Auxin-responsive GH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819244]
identity=64.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0586200 (JAR1)
-
identity=66.1; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016881 (acid-amino acid ligase activity)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03321 (GH3); PF23571 (GH3_M); PF23572 (GH3_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998915

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780333.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780333.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057780334.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057780333.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780333.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:51133663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B22,C40,C85
Chr8:51133668 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr8:51133677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,D11
Chr8:51133692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr8:51133716 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:51133749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr8:51133770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr8:51133974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B45,C18,C19
Chr8:51135111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C43
Chr8:51135199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C9
Chr8:51135550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D6
Chr8:51135558 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780333.1
598 aa
N
1
299
598
GH3
GH3_M
GH3_C
C
PF03321 GH3 37-345 aa PF23571 GH3_M 373-447 aa PF23572 GH3_C 462-574 aa
XP_057780334.1
576 aa
N
1
288
576
GH3
GH3_M
GH3_C
C
PF03321 GH3 15-323 aa PF23571 GH3_M 351-425 aa PF23572 GH3_C 440-552 aa
XP_057780335.1
576 aa
N
1
288
576
GH3
GH3_M
GH3_C
C
PF03321 GH3 15-323 aa PF23571 GH3_M 351-425 aa PF23572 GH3_C 440-552 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780333.1 Pfam PF03321 GH3 Domain 37 345 1.3e-111 373.3 GH3 family N-terminal domain
XP_057780333.1 Pfam PF23571 GH3_M Domain 373 447 5e-30 104.1 GH3 family central domain
XP_057780333.1 Pfam PF23572 GH3_C Domain 462 574 1.8e-34 119.6 GH3 family C-terminal domain
XP_057780334.1 Pfam PF03321 GH3 Domain 15 323 1.2e-111 373.5 GH3 family N-terminal domain
XP_057780334.1 Pfam PF23571 GH3_M Domain 351 425 4.8e-30 104.1 GH3 family central domain
XP_057780334.1 Pfam PF23572 GH3_C Domain 440 552 1.8e-34 119.7 GH3 family C-terminal domain
XP_057780335.1 Pfam PF03321 GH3 Domain 15 323 1.2e-111 373.5 GH3 family N-terminal domain
XP_057780335.1 Pfam PF23571 GH3_M Domain 351 425 4.8e-30 104.1 GH3 family central domain
XP_057780335.1 Pfam PF23572 GH3_C Domain 440 552 1.8e-34 119.7 GH3 family C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924351.1
GATGCCACCACTCTCTATCTCTCTTTGTGCAATGAAAAAGAATCTTCCATTAGATAGACACCCAATTTTCTCCAATTCTTGTTGTCTCATTCTTCCATTTGCCGAATTCCCTCCCACGCCAGACCTCACTCACCTCACCTCCCATAAAAATCCATTATTTTCCATCTATAAATCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTGACACTCTGCTCGAGTTTAGTGAGGTGAAACAATCAAATACCCCCCACCCTACTTTCATCTAAACC...
XM_057924352.1
ACAATCAAATACCCCCCACCCTACTTTCATCTAAACCGTTATTACTTCGAAACACCCGCTTTCTTTTTCTTCCTGCTTCAACAGTCTCTCTCTTTGCGTGTGTGTGAATTATGGTTCTATGTGAATCTTTGGTCGGTGGGAATTCGTTTTTCTAGCTTCTTGTTGATTGAATTAGTGAAGATGCTGGAGAAAATGGAGGAAAGATTTGATCCAGAAGCAGTGATAGAGGAATTCGAGACGTTGTCAAGGGATGCAGGGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130998915
ATGTGTTTTTTCACTGAATTTAACCGAACTTGTTTGATCAGCTTCTTGTTGATTGAATTAGTGAAGATGCTGGAGAAAATGGAGGAAAGATTTGATCCAGAAGCAGTGATAGAGGAATTCGAGACGTTGTCAAGGGATGCAGGGAGGGTTCAGAGGGAAACACTGCAGAAAATCTTGGATGAAAATGGTGGAACTGAGTATATGCAGAGATGTGGGCTTAATGGAAGGAGTGATCCTGATAGTTTCAAGGCCTGTGTTCC...
LOC130998915
ATGCTGGAGAAAATGGAGGAAAGATTTGATCCAGAAGCAGTGATAGAGGAATTCGAGACGTTGTCAAGGGATGCAGGGAGGGTTCAGAGGGAAACACTGCAGAAAATCTTGGATGAAAATGGTGGAACTGAGTATATGCAGAGATGTGGGCTTAATGGAAGGAGTGATCCTGATAGTTTCAAGGCCTGTGTTCCCATTGTCTCCCACAGTGACTTGGAGCCTTACATTCAGCGAATCGCAGACGGGAATAGCCCCTGCGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780333.1
MCFFTEFNRTCLISFLLIELVKMLEKMEERFDPEAVIEEFETLSRDAGRVQRETLQKILDENGGTEYMQRCGLNGRSDPDSFKACVPIVSHSDLEPYIQRIADGNSPCALTGKPITTISLSSGTTQGKPKFVPFNDELMESTMQIYKTSFAYRNREYPIGNGKALQFIYSSKQFKTKGGLAAGTATTNVYRNAQFKKTMRAMQTPCCSPDEVIFGPDFHQSLYCHLLCGLIFRDEVQVVSSTFAHSIVHAFRTFEQVWEE...
XP_057780334.1
MLEKMEERFDPEAVIEEFETLSRDAGRVQRETLQKILDENGGTEYMQRCGLNGRSDPDSFKACVPIVSHSDLEPYIQRIADGNSPCALTGKPITTISLSSGTTQGKPKFVPFNDELMESTMQIYKTSFAYRNREYPIGNGKALQFIYSSKQFKTKGGLAAGTATTNVYRNAQFKKTMRAMQTPCCSPDEVIFGPDFHQSLYCHLLCGLIFRDEVQVVSSTFAHSIVHAFRTFEQVWEELVTDIREGTLSSRITVPSIRAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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