Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004216`

染色体: Chr08 坐标: 51544308-51547651 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004216`
名称	SmilChr08G004216
描述	protein ABIL1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	51544308 - 51547651 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998947`
GeneID	`130998947`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998947`
原始查询	`SmilChr08G004216`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ABIL1-like
产物	protein ABIL1-like
Arabidopsis	`AT2G46225` (ABIL1) ABI-1-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819230] identity=55.6; qcov=0.997; evalue=4.93e-102; confidence=high
Rice	`Os01g0622700` - identity=50.9; qcov=0.935; evalue=9.72e-83; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF27594 (ABI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057780371.1`
2	Spindle	Spindle	0.80000	`XP_057780371.1`
3	Centrosome	中心体	0.80000	`XP_057780372.1`
4	Spindle pole	Spindle pole	0.60000	`XP_057780371.1`
5	Cilium	纤毛	0.40000	`XP_057780372.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:51544724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B19,B22,C9
`Chr8:51544805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr8:51545065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C22
`Chr8:51545213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C18
`Chr8:51545365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:51545568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr8:51545583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B56,B96,D4
`Chr8:51545928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:51545982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C18
`Chr8:51546347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780371.1

295 aa

148

295

ABI

PF27594 ABI 28-93 aa

XP_057780372.1

294 aa

147

294

ABI

PF27594 ABI 28-93 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780371.1`	Pfam	`PF27594`	ABI	Domain	28	93	9.2e-16	58.3	Abl interactor protein
`XP_057780372.1`	Pfam	`PF27594`	ABI	Domain	28	93	9.1e-16	58.4	Abl interactor protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924389.1
CTACAAACTTCAAACAGTGGGCCCCCTAATCTATTCCAGTTCAACTACCTTTCTACTTCTCCATACGACGACGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGTGTTTCACTGCGAGTTGCTTCTCCCACACACACGCGCACATTTTCTTTTTCTTGTTTTGTTTTCATTTTCTCAACTCCAGATTATATTAATCCATTATACTTTGCGTCGCTCTGAATCAACTTTCATAAACTTGATTCCTCCCACAATCGCTTCATTATTGTCT...

XM_057924388.1
CCCCCTAATCTATTCCAGTTCAACTACCTTTCTACTTCTCCATACGACGACGTCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGTGTTTCACTGCGAGTTGCTTCTCCCACACACACGCGCACATTTTCTTTTTCTTGTTTTGTTTTCATTTTCTCAACTCCAGATTATATTAATCCATTATACTTTGCGTCGCTCTGAATCAACTTTCATAAACTTGATTCCTCCCACAATCGCTTCATTATTGTCTTCTTTTTCATAATCATTTGGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130998947
ATGGAGGCGGGGAAAGATCGACCGGAGAAGCAAACCATGGCGTTTGATGAGATGTCGGTGGACAAGAGTATCAGTTTCGTCACGGCATTACAGGAACTGAAGAACCTCAGACCTCAACTGTATTCTGCAGCAGAGTATTGCGAAAAGTCGTATCTCAACAGTGAGCAGAAGCAGATGTTTCTGGACAATATGAAGGATTATGCTGTTAGAGCTCTAGTCAATGCAGTTGATCACCTTGGTACGGTTGCTTACAAGTTGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057780371.1
MEAGKDRPEKQTMAFDEMSVDKSISFVTALQELKNLRPQLYSAAEYCEKSYLNSEQKQMFLDNMKDYAVRALVNAVDHLGTVAYKLSDIVEQQTLEISSIDLKVACVNQKLLTCQTYTDNEGLRQQQLLAIIPKHHKHYMLPNSIKKVHFSPHVQTDPTQSILVKGRHYPSGASAARTLSWHLASATKSNMKGSSCDILSTDEAKVAGKSSPAFNSLGDGQKSKRMRSAPATRAAMQTLGVTRRDYSEGPKPLTQHRSFD...

XP_057780372.1
MEAGKDRPEKQTMAFDEMSVDKSISFVTALQELKNLRPQLYSAAEYCEKSYLNSEQKQMFLDNMKDYAVRALVNAVDHLGTVAYKLSDIVEQQTLEISSIDLKVACVNQKLLTCQTYTDNEGLRQQQLLAIIPKHHKHYMLPNSIKKVHFSPHVQTDPTQSILVKGRHYPSGASAARTLSWHLASATKSNMKGSSCDILSTDEAKVAGKSSPAFNSLDGQKSKRMRSAPATRAAMQTLGVTRRDYSEGPKPLTQHRSFDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器