Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004251`

染色体: Chr08 坐标: 51936386-51940492 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004251`
名称	SmilChr08G004251
描述	uncharacterized SmilChr08G004251
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	51936386 - 51940492 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998980`
GeneID	`130998980`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998980`
原始查询	`SmilChr08G004251`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828038]; symbol=AT4G01270; hit=AT4G01270; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828038]; symbol=AT4G01270; hit=AT4G01270; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G01270` (AT4G01270) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828038] identity=39.9; qcov=1.02; evalue=1.01e-111; confidence=medium
Rice	`Os08g0151700` (P0443G08.137) - identity=42.3; qcov=0.512; evalue=7.24e-65; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998980

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780411.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057780411.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057780411.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780411.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780411.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:51936556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr8:51936658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:51937446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C50
`Chr8:51938925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B3,B5,C5,C56
`Chr8:51939343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:51939862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr8:51939920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780411.1

568 aa

284

568

zf-RING_2

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

PF13639 zf-RING_2 18-67 aa PF13445 zf-RING_UBOX 19-64 aa PF00097 zf-C3HC4 19-66 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780411.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	18	67	7.7e-08	33.2	Ring finger domain
`XP_057780411.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	19	64	8.2e-07	29.6	RING-type zinc-finger
`XP_057780411.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	19	66	5.8e-06	26.8	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924428.1
CTTGTGAAATTGAGGGAAATTGTTTTCCGCGAACCTTTCTACTTCCGCTTCTTCCGCGCCAAATTCCTCTTTTCTCAAAATTTCAAAAAATTTGTCCAAAAGCAATAAATCGGAGAAAATCGAAGAGATTATGGCCAGAATGCCGGGGCTATGGCTCGGGCTAGCAATGTCGACTCCAACAGCAATTCGTTCGCGAAAACTATATGCTCAATTTGCTTCGAAGATCTGAAACCCTTAGTAGAAGATCTTCAATCAATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998980
ATGGCTCGGGCTAGCAATGTCGACTCCAACAGCAATTCGTTCGCGAAAACTATATGCTCAATTTGCTTCGAAGATCTGAAACCCTTAGTAGAAGATCTTCAATCAATCTCTGTTTGCGGCCACGTCTTTCACGAGCTCTGCCTACAACAATGGTTTGAGTACTGTCCCAATGTGAAGAAGAGGAGTTGTCCTATATGCAAACAAGCCTGCACAAATGCAAATGTTGGACGCCTTTATTTCCAGTCAATTGGTGATTCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780411.1
MARASNVDSNSNSFAKTICSICFEDLKPLVEDLQSISVCGHVFHELCLQQWFEYCPNVKKRSCPICKQACTNANVGRLYFQSIGDSDDCSSQKPHDCEGNPKELQREVNRLEGKVAGLSSSLEQQQKDFKEVKEELLMCSEQLKTEVALKHEALSQTATSQQLLRVKSEELDRSTLECMRFKERNMALARELATYRLAYDMDLKEDDAMKLASLGNDGGSREGNYLLIKSLDTHKKSYKELLAKCNDLGRREARCSEELE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器