Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004253`

染色体: Chr08 坐标: 51998744-52000953 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004253`
名称	SmilChr08G004253
描述	uncharacterized SmilChr08G004253
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	51998744 - 52000953 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998647`
GeneID	`130998647`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998647`
原始查询	`SmilChr08G004253`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=56.1; qcov=0.478; evalue=7.16e-36; confidence=medium
Rice	`Os06g0597250` - identity=46.3; qcov=0.732; evalue=9.85e-39; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780045.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057780045.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057780045.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780045.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780045.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:51998755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B131,B15
`Chr8:51998757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:51998813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr8:51998853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C5
`Chr8:51998864`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	A16,C5
`Chr8:51998864`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	A16,C5
`Chr8:51998871`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A16,C5
`Chr8:51998871`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A16,C5
`Chr8:51998878`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	98	A10,A11,A15,A16,A18,A19,A20,A22,A24,A6,A7,A9,B10,B106,B108,B112,B113,B121,B125,B128,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B16,B17,B18,B19,B2,B24,B29,B3,B30,B31,B36,B41,B45,B47,B48,B50,B55,B58,B6,B60,B62,B65,B67,B69,B72,B77,B83,B84,B85,B87,B88,B92,C1,C10,C14,C16,C17,C18,C19,C20,C25,C28,C29,C30,C34,C37,C39,C40,C42,C43,C45,C46,C47,C51,C55,C59,C60,C63,C65,C67,C72,C73,C74,C79,C80,C83,C86,D4,D5,D9
`Chr8:51998914`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A10,B79,C39,C59
`Chr8:51998914`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A10,B79,C39,C59
`Chr8:51998922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780045.1

224 aa

112

224

Plant_tran

PF04827 Plant_tran 4-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780045.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	4	104	2.8e-39	135.6	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924062.1
ATGGGGGTGCCGGTCACATATCAAGTCAACAACGCCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTGACGGCATCAATCCCAATTGGCCTGTATTCGTGAAGAGTCCTACACATCCGACGGATCCGAAGGGGAAGAGGTTCAAAGTGATGCAGGAAGCGGCTCGCAAGGATATTGAACGAGCCTTCGGCGTCCTTCAAGCTCGTTGGGCAATCGTCAAAGGCCCATCGCGTCTTTGGAGCAAGGAGGCGATGATCGACATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998647
ATGGGGGTGCCGGTCACATATCAAGTCAACAACGCCTACTACACAAGTGGGTACTACTTGACTGACGGCATCAATCCCAATTGGCCTGTATTCGTGAAGAGTCCTACACATCCGACGGATCCGAAGGGGAAGAGGTTCAAAGTGATGCAGGAAGCGGCTCGCAAGGATATTGAACGAGCCTTCGGCGTCCTTCAAGCTCGTTGGGCAATCGTCAAAGGCCCATCGCGTCTTTGGAGCAAGGAGGCGATGATCGACATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780045.1
MGVPVTYQVNNAYYTSGYYLTDGINPNWPVFVKSPTHPTDPKGKRFKVMQEAARKDIERAFGVLQARWAIVKGPSRLWSKEAMIDIMFTCIILHNMIIEDEGEQETQWEEDADEASSSAASQPRAGVPPDFRAFVARQASMRDAKMHARLTLDLKEHIWSRLEYASSGMRQLWNRQLWNHQLWNRQLGRHQVWSLALPWSRASSGAQLCHVRQSALELSSALEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器