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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004276

染色体: Chr08 坐标: 52326048-52328504 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004276
名称SmilChr08G004276
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52620-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52326048 - 52328504 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999003
GeneID130999003
locus_tag-
NCBI NameLOC130999003
原始查询SmilChr08G004276

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52620-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g52620-like
ArabidopsisAT1G52620 (AT1G52620)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841694]
identity=44.7; qcov=0.963; evalue=3.92e-140; confidence=medium
RiceOs03g0165100
-
identity=33.2; qcov=0.826; evalue=1.42e-64; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057780448.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780448.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780448.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780448.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780448.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780448.1
488 aa
N
1
244
488
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_long
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_1
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
C
PF12854 PPR_1 5-35 aa PF13812 PPR_3 5-55 aa PF13041 PPR_2 9-54 aa PF01535 PPR 11-41 aa PF12854 PPR_1 39-72 aa PF01535 PPR 47-75 aa PF13041 PPR_2 47-90 aa PF13812 PPR_3 67-123 aa PF01535 PPR 81-111 aa PF17177 PPR_long 95-226 aa PF12854 PPR_1 109-141 aa PF13041 PPR_2 113-160 aa PF01535 PPR 117-145 aa PF13812 PPR_3 137-195 aa PF01535 PPR 152-181 aa PF12854 PPR_1 179-211 aa PF13041 PPR_2 183-232 aa PF01535 PPR 188-216 aa PF13812 PPR_3 209-263 aa PF01535 PPR 221-245 aa PF12854 PPR_1 252-281 aa PF13812 PPR_3 252-302 aa PF13041 PPR_2 253-302 aa PF01535 PPR 256-286 aa PF13812 PPR_3 276-333 aa PF12854 PPR_1 284-316 aa PF01535 PPR 291-321 aa PF13041 PPR_2 296-337 aa PF01535 PPR 375-404 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780448.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 5 35 1.1e-89 294.5 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 5 55 7.6e-55 183.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 9 54 2.4e-95 313.2 PPR repeat family
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 11 41 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 39 72 1.1e-89 294.5 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 47 75 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 47 90 2.4e-95 313.2 PPR repeat family
XP_057780448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 67 123 7.6e-55 183.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 81 111 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 95 226 5.9e-23 82.1 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057780448.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 109 141 1.1e-89 294.5 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 113 160 2.4e-95 313.2 PPR repeat family
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 145 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 137 195 7.6e-55 183.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 152 181 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 179 211 1.1e-89 294.5 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 183 232 2.4e-95 313.2 PPR repeat family
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 216 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 209 263 7.6e-55 183.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 245 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 252 281 1.1e-89 294.5 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 252 302 7.6e-55 183.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 253 302 2.4e-95 313.2 PPR repeat family
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 256 286 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 276 333 7.6e-55 183.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780448.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 284 316 1.1e-89 294.5 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 291 321 1e-65 214.2 PPR repeat
XP_057780448.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 337 2.4e-95 313.2 PPR repeat family
XP_057780448.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 375 404 1e-65 214.2 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924465.1
GGTAAATGTAAATATAGCCTTGTTGGAGAAGCTTTCGAGACCACAAGAAAGATGATGGAAGTAGGGTGCCCGTTGGACATTGTGACGTATAATTCTTTGATTTCTAATGCTTGTAAAGATGGGAATGTGCTGGACGCGGAAAAGCTTTTGGAGGAGGTAATCAATCGCGGATTGGTTCCCAATAAGCTAAGCTTTACCCCTCTTATACATGCCTACTGCAGGGAGCAAAATTTTGAGAGAGCATCATGTCTTCTTGTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999003
ATGATGGAAGTAGGGTGCCCGTTGGACATTGTGACGTATAATTCTTTGATTTCTAATGCTTGTAAAGATGGGAATGTGCTGGACGCGGAAAAGCTTTTGGAGGAGGTAATCAATCGCGGATTGGTTCCCAATAAGCTAAGCTTTACCCCTCTTATACATGCCTACTGCAGGGAGCAAAATTTTGAGAGAGCATCATGTCTTCTTGTTGAGATGACACGAAGTGGACATAAGCCCGACTTGATAACCTATGGAGGTCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780448.1
MMEVGCPLDIVTYNSLISNACKDGNVLDAEKLLEEVINRGLVPNKLSFTPLIHAYCREQNFERASCLLVEMTRSGHKPDLITYGGLIHGLVVAGEVEAALTIRNNMVERGVSPDACIYNVLINGLCKKSRFADAEQLLQEMLGCNVSLDAYVYATLVDGYIRSGNFDDAEKLFDLIIKRGVDPGIVGYNAMIKGYCKLGKIKDAVLCINKMTRRNISPDEFTYSTIIDGFIKQNDLLGALTVFGLVIKQKYTPNVVMYTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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