当前解析结果
SmilChr08G004280| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004280 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004280 |
| 描述 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 52382260 - 52383685 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999012 |
|---|---|
| GeneID | 130999012 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999012 |
| 原始查询 | SmilChr08G004280 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| 产物 | protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2-like |
| Arabidopsis | AT2G28320 (AT2G28320)Pleckstrin homology (PH) and lipid-binding START domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817379] identity=85.9; qcov=0.639; evalue=4.8e-52; confidence=high |
| Rice | Os10g0452800- identity=63; qcov=0.319; evalue=7.79e-12; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07059 (EDR2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999012 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057780457.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057780457.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057780457.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780457.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780457.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:52382428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
Chr8:52383581 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr8:52383643 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr8:52383656 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780457.1PF07059
EDR2_C 27-113 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780457.1 |
Pfam | PF07059 |
EDR2_C | Domain | 27 | 113 | 2.6e-17 | 64.1 | Protein ENHANCED DISEASE RESISTANCE 2, C-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。