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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004284

染色体: Chr08 坐标: 52482008-52485957 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004284
名称SmilChr08G004284
描述rhodanese-like domain-containing protein 6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52482008 - 52485957 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998655
GeneID130998655
locus_tag-
NCBI NameLOC130998655
原始查询SmilChr08G004284

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rhodanese-like domain-containing protein 6
产物rhodanese-like domain-containing protein 6
ArabidopsisAT1G09280 (AT1G09280)
rhodanese-like domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837449]
identity=68.8; qcov=0.852; evalue=1.87e-110; confidence=high
RiceOs12g0563400 (OsStr18)
-
identity=69.9; qcov=0.808; evalue=6.75e-110; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF12368 (Rhodanese_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998655

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780052.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780052.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780052.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057780052.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780052.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780052.1
271 aa
N
1
136
271
Rhodanese_C
C
PF12368 Rhodanese_C 166-231 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780052.1 Pfam PF12368 Rhodanese_C Family 166 231 8.1e-15 55.6 Rhodanase C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924069.1
ATGAGTCATGAGCATGTTGTTGCAGCAGGTCCCACTATAGGGACTTCAAAGGCAAAAGAACTGGTGACGTTAAGCTCTCATCCCTTGTTGAAGTCTCCGGAGATTTCAAATGCTAGGAGACATCTCTCGGCAGCTGAATTTCACTCTGTTCTTCAGAATGCTGGTGAATGTCAAGAGTTAAGTAGTGGCTCCAACAAGGAACTGATACTGTTAGATGCAAGAAACTTGTACGAGACGAGAATAGGCAAGTTTCATGCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998655
ATGAGTCATGAGCATGTTGTTGCAGCAGGTCCCACTATAGGGACTTCAAAGGCAAAAGAACTGGTGACGTTAAGCTCTCATCCCTTGTTGAAGTCTCCGGAGATTTCAAATGCTAGGAGACATCTCTCGGCAGCTGAATTTCACTCTGTTCTTCAGAATGCTGGTGAATGTCAAGAGTTAAGTAGTGGCTCCAACAAGGAACTGATACTGTTAGATGCAAGAAACTTGTACGAGACGAGAATAGGCAAGTTTCATGCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780052.1
MSHEHVVAAGPTIGTSKAKELVTLSSHPLLKSPEISNARRHLSAAEFHSVLQNAGECQELSSGSNKELILLDARNLYETRIGKFHAPDIKTLDPAIRQYSDLPSWIDDNSEQLWGNNILMYCTGGIRCEMASAYIRSKGAGFENVFQLYGGIQRYMEQFPDGGFFKGKNFVFDHRVSVGSLDPIVLGTCLLCGVSFDNYTSRCRCTHCRMLVLVCDHCREINRSYVCELCQKDGKPVKSICSMSGEVPETAYDNQSLEID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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