同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004290

染色体: Chr08 坐标: 52576038-52578150 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004290
名称SmilChr08G004290
描述uncharacterized SmilChr08G004290
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52576038 - 52578150 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999019
GeneID130999019
locus_tag-
NCBI NameLOC130999019
原始查询SmilChr08G004290

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cAMP-regulated phosphoprotein 19-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836534]; symbol=AT5G64130; hit=AT5G64130; species=arabidopsis; confidence=high
产物cAMP-regulated phosphoprotein 19-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836534]; symbol=AT5G64130; hit=AT5G64130; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G64130 (AT5G64130)
cAMP-regulated phosphoprotein 19-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836534]
identity=76.72; qcov=0.991; evalue=1.12e-56; confidence=high
RiceOs05g0566600
-
identity=66.33; qcov=0.828; evalue=1.45e-40; confidence=medium
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0035308 (GO:0035308)
KEGG-
PfamPF04667 (Endosulfine)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999019

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780471.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057780471.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057780471.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057780471.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:52577898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780471.1
116 aa
N
1
58
116
Endosulfine
C
PF04667 Endosulfine 23-94 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780471.1 Pfam PF04667 Endosulfine Family 23 94 6.5e-24 84.5 cAMP-regulated phosphoprotein/endosulfine conserved region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924488.1
ACTCAAGGGCATGGATGTAATTTGAGCCCCTGCTAATTTATTCTTATTTGCTCTGAAACGGTTACCTCTCCCTCTCCTCTCTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTGATAAGACATTAACACACACAATCGATCTGCAGTTGTAGCATACTCGAATTCCTATTTCCTCCAAGGTTTTTCTTGTGCACTGGTGGTTGGGAGAATATGTCAGGCACTGAGGAAATCAAAGAGCAATCGGAAGTTGTTATGGAGGATGCTGAGAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057780471.1_45523
ATGTCAGGCACTGAGGAAATCAAAGAGCAATCGGAAGTTGTTATGGAGGATGCTGAGAAGGCCATGCCATCACCGCAGCAGGAAGAGGAATCTGCAAAGAATAAATATGGTGGGTTAATGCCCAAGAAGCAACCATTGATTTCTAAGGATCACGAACGTGCCTATTTTGACTCTGCTGATTGGGCTTTGGGAAAGCAAGGTGGACAGAAGCCTAAAGGACCACTGGAGGCTCTCCGGCCCAAGCTACAGCCAACTCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780471.1
MSGTEEIKEQSEVVMEDAEKAMPSPQQEEESAKNKYGGLMPKKQPLISKDHERAYFDSADWALGKQGGQKPKGPLEALRPKLQPTQQQTRYRKSPCAPSEGEDGSTAQGEDAANNE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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