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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004291

染色体: Chr08 坐标: 52586643-52591246 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004291
名称SmilChr08G004291
描述C-terminal binding protein AN-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52586643 - 52591246 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999020
GeneID130999020
locus_tag-
NCBI NameLOC130999020
原始查询SmilChr08G004291

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述C-terminal binding protein AN-like
产物C-terminal binding protein AN-like
ArabidopsisAT1G01510 (AN)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839401]
identity=67.6; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0533000
-
identity=61.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG-
PfamPF02826 (2-Hacid_dh_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057780472.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057780472.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780472.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780472.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:52586875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr8:52587143 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:52587191 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B13
Chr8:52587191 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B13
Chr8:52587294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C82
Chr8:52588282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:52588346 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B130,C28,C70
Chr8:52588346 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B130,C28,C70
Chr8:52589070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C82
Chr8:52589418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr8:52589448 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:52589808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B81,C35,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780472.1
634 aa
N
1
317
634
2-Hacid_dh_C
C
PF02826 2-Hacid_dh_C 119-302 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780472.1 Pfam PF02826 2-Hacid_dh_C Domain 119 302 2.5e-25 89.6 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924489.1
AAAAAATAAGTTAGCAAAATGTATTTCCCACTAAAAATTAGGGACTTAACTGCAAATGTGAAGGGCACCATGGGTCCCACTGGGCTCCACAGTCGGCAAAACACTCATCGGAAAAAATGAAAAATTTCATCTCTACTTTCGAAGCAATCAAAGAAGCAGTTGATGGTTGCTAGCCACGGATTTGCGGAGCGCGTGTGAGGGTTGGATCTGCTGCAGCAATGGCTCCCCGTAACAGCTCTGCTCATCAATCTCAACCGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999020
ATGGCTCCCCGTAACAGCTCTGCTCATCAATCTCAACCGTTGCCGCTGGTAGTTACGCTCAACTGCATCGAAGATACAGCCGTCGAGCAGGAATGCCTCTCCGGCGCGGCGCTAGTCGAGCACGTGCCGCTCAGCCACCTCGCGGACTCGCGGATTGAATCCGCCGCCGCCGTCCTCATCCACTCCCTCGCGTTCCTCCCCCGCGCCGCGCAGCGCCGGCTCCGCCCCTGGCAGCTGATCCTCTGCCTCGGCTCGTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780472.1
MAPRNSSAHQSQPLPLVVTLNCIEDTAVEQECLSGAALVEHVPLSHLADSRIESAAAVLIHSLAFLPRAAQRRLRPWQLILCLGSSDRAVDSALAAELGLDRLVHVDVSRAEEVADTVMALVLGLLRRTHLLSRHALSAAGWLGSLQPLCRGMRRCRGLVLGIVGRSASATSLASKSLAFKMSVLYFDVQEGNRRVNRSSIGFPPAARRMDTLNDLLAASDVISLHCALTEETIQIMNADCLQHVKPGSFLVNTGSSQLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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