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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004308

染色体: Chr08 坐标: 52803866-52805648 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004308
名称SmilChr08G004308
描述UDP-glycosyltransferase 91C1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52803866 - 52805648 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999036
GeneID130999036
locus_tag-
NCBI NameLOC130999036
原始查询SmilChr08G004308

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 91C1-like
产物UDP-glycosyltransferase 91C1-like
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=38.1; qcov=0.969; evalue=1.47e-110; confidence=medium
RiceOs01g0865400
-
identity=38.7; qcov=0.981; evalue=9.61e-99; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999036

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780488.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780488.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780488.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780488.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780488.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:52804127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B80
Chr8:52804295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C81
Chr8:52804382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B140
Chr8:52804415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B113,B56,C30
Chr8:52804432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B56,C21
Chr8:52804495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:52804574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:52804576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:52804602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:52804734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B129
Chr8:52804806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B132,B47,B55
Chr8:52804840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780488.1
479 aa
N
1
240
479
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 13-193 aa PF00201 UDPGT 286-434 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780488.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 13 193 4.3e-11 43.9 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057780488.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 286 434 1e-11 45.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924505.1
AACATGGGATTTCATTAAGCGACACTCAAAACAATATGGGATTTTGTTTGAATAAACCATTGGTTCACAACCTCAAATTAACATCACACTCCCACCAACAATACACAATCTGACAACAAAAATACACAGTAATAAGAAGAGTTGAAATTGTTGAGTTGACATGAATAAGAGTGGAAGAAGAATGAGTGAAGAAAATGAGGTTCATGTTGTGATGCTGCCATGGCTGGCATTTGGTCACATGATCCCATTCTTGGATCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999036
ATGAATAAGAGTGGAAGAAGAATGAGTGAAGAAAATGAGGTTCATGTTGTGATGCTGCCATGGCTGGCATTTGGTCACATGATCCCATTCTTGGATCTCTCTATTGCCTTAGCCAAATTTGGCATTCATGTCTCCTACATCTCTACTCCCCAAAACATTCCAAGACTCCCCCAAATCCCACCAAATCTGTCACAATTCATCGAATTCGTGGCCCTTCCTCTCCCCCAGCTCGAGTCGGATCCCCTGCCGGAGAATGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780488.1
MNKSGRRMSEENEVHVVMLPWLAFGHMIPFLDLSIALAKFGIHVSYISTPQNIPRLPQIPPNLSQFIEFVALPLPQLESDPLPENAEATTDIPVERMDDLKIACDLLREPVKKVIAEKSPNWILVDFFHHWAADIARELDVPLILYFVMTAASSVFCWTPEFLAGEGQRQTRTSPQDMTVTPDWVDFPSQVVCRNHEAIAMYNLLYGARSSGIQDGARLTRIVQGCQAIVIRTCLELEADYLKLYSKITGKPVIPMGCLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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