当前解析结果
SmilChr08G004324| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004324 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004324 |
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At5g24010 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 52927339 - 52928736 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998664 |
|---|---|
| GeneID | 130998664 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998664 |
| 原始查询 | SmilChr08G004324 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At5g24010 |
| 产物 | probable receptor-like protein kinase At5g24010 |
| Arabidopsis | AT4G00300 (AT4G00300)receptor-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719430] identity=47.2; qcov=1.03; evalue=2.32e-137; confidence=high |
| Rice | Os03g0124300- identity=43.4; qcov=0.832; evalue=1.03e-93; confidence=medium |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12819 (Malectin_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998664 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057780060.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057780060.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780060.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780060.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780060.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:52927344 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,B69,C78,D1 |
Chr8:52927396 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B134,B3,B5,C5 |
Chr8:52927425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr8:52927591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr8:52927923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C56 |
Chr8:52928340 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,B95,C20 |
Chr8:52928690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780060.1PF12819
Malectin_like 32-385 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780060.1 |
Pfam | PF12819 |
Malectin_like | Domain | 32 | 385 | 7.4e-25 | 88.6 | Malectin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。