Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004339`

染色体: Chr08 坐标: 53051799-53055493 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004339`
名称	SmilChr08G004339
描述	uncharacterized SmilChr08G004339
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	53051799 - 53055493 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998666`
GeneID	`130998666`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998666`
原始查询	`SmilChr08G004339`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]; symbol=AT1G51172; hit=AT1G51172; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]; symbol=AT1G51172; hit=AT1G51172; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT1G51172` (AT1G51172) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434] identity=30.7; qcov=0.217; evalue=1.17e-14; confidence=weak
Rice	`Os06g0165300` - identity=26.7; qcov=0.229; evalue=6.17e-09; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780063.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057780063.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057780063.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780063.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780063.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:53052060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B23,B54,B55,C48
`Chr8:53052153`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C17
`Chr8:53052157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr8:53052191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,C41,C46,C74
`Chr8:53052231`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr8:53052324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr8:53052324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:53052384`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,B99,C68
`Chr8:53052407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B91,C40
`Chr8:53052541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B46,B80,C30,C60
`Chr8:53052542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr8:53052559`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B105,B90

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924080.1
ATGGTGGCTGGCTGGGCGGATCTTGGCCGTCTGTTCTTGAGCGAGGCAGAAGAGAAGTCGAGGGGCGTCTGGGGCGAACGGCTTTGCCTGCTCTTGCTGCCGCCGGATTCTGGAGGCGGCGCCGCTTTTGTGCTCTTTTTGCCAAGGATGGCGCCGCCGCTCGAGAAGCGGTCGGCTGTTGCTGTTGTTTTTCGCGTCTTCAGCCGGGCGAAAGAACTTGAAGAGGAGGAAGCAAGGAAGCAGGAGAAGGTCTTTGTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998666
ATGGTGGCTGGCTGGGCGGATCTTGGCCGTCTGTTCTTGAGCGAGGCAGAAGAGAAGTCGAGGGGCGTCTGGGGCGAACGGCTTTGCCTGCTCTTGCTGCCGCCGGATTCTGGAGGCGGCGCCGCTTTTGTGCTCTTTTTGCCAAGGATGGCGCCGCCGCTCGAGAAGCGGTCGGCTGTTGCTGTTGTTTTTCGCGTCTTCAGCCGGGCGAAAGAACTTGAAGAGGAGGAAGCAAGGAAGCAGGAGAAGGTCTTTGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780063.1
MVAGWADLGRLFLSEAEEKSRGVWGERLCLLLLPPDSGGGAAFVLFLPRMAPPLEKRSAVAVVFRVFSRAKELEEEEARKQEKVFVQLLSEIFVKVSGLKLSSKGRNFSFNFYAFDKKLGPLDIIICEAMSMSQAFFEFFVQMVFLDMSASFVSNESSSENSRSSDDDTSCLDTVTGVPRNRPRAGYDVVMFDYGIGVNLSGPLEGSIPAYKLGDESPESVITFDKLDELRAVYAIPPCASLAAPSGSERPDWLYPGWTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器