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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004342

染色体: Chr08 坐标: 53109793-53112357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004342
名称SmilChr08G004342
描述pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53109793 - 53112357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999067
GeneID130999067
locus_tag-
NCBI NameLOC130999067
原始查询SmilChr08G004342

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT4G30700 (MEF29)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829193]
identity=34; qcov=0.892; evalue=8.13e-106; confidence=low
RiceOs05g0574800 (OsPPR6)
-
identity=33.8; qcov=0.928; evalue=5.86e-112; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999067

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780521.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057780521.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780521.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780521.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780521.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:53109995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B37,B68
Chr8:53110698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr8:53110719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B37,B68
Chr8:53110741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C77
Chr8:53110835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,D3
Chr8:53110932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr8:53111099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C82,C87
Chr8:53111360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B49,C32,C68
Chr8:53111361 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr8:53111798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780521.1
640 aa
N
1
320
640
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 57-86 aa PF13041 PPR_2 155-203 aa PF13812 PPR_3 156-202 aa PF01535 PPR 159-185 aa PF01535 PPR 229-257 aa PF01535 PPR 259-285 aa PF13041 PPR_2 358-405 aa PF01535 PPR 361-387 aa PF01535 PPR 434-455 aa PF01535 PPR 463-492 aa PF01535 PPR 535-559 aa PF20431 E_motif 581-638 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 57 86 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 155 203 2.9e-57 191.3 PPR repeat family
XP_057780521.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 156 202 9.1e-20 71.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 159 185 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 229 257 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 259 285 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 358 405 2.9e-57 191.3 PPR repeat family
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 361 387 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 455 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 463 492 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 535 559 3.3e-47 156.2 PPR repeat
XP_057780521.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 581 638 3.5e-15 56.7 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924538.1
CTTACGCGCCAGAGTTGTTAAACCGCTGCACCGTCGTCGCCATAACATCGTTCCTCTCTCTCCGTTTCTCTCGTCGACTGGCATTGCCAATTGGCCATCTCGCTTCAAAGAGTAGAAATTCAACAATTTTCGTTGTCTTTTTCTACGGGCGCATGTCTAATGTGGTCCGATCTCGAAGTGCCCACCTAGTGTTCGATAAAATCACTAACAGATGCCCACCTCGTCAGAATTTACCAAACTGCAACGCCCACATTCCTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999067
ATGTCTAATGTGGTCCGATCTCGAAGTGCCCACCTAGTGTTCGATAAAATCACTAACAGATGCCCACCTCGTCAGAATTTACCAAACTGCAACGCCCACATTCCTGCATACAGAAACCGCCCCAATTTGGTAGACCCATTCGAAAATTTTGCACAAAATGATATCATAATATCATGGACATCGAGAATCTCGAATTTGGTTCGGAAAAATCGGCCCCAGGAGGCTGTAAGTTTGTTCAAATTGATGCTAGTCGATGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780521.1
MSNVVRSRSAHLVFDKITNRCPPRQNLPNCNAHIPAYRNRPNLVDPFENFAQNDIIISWTSRISNLVRKNRPQEAVSLFKLMLVDGQRPNFVTVLSLIKAAGSLGWKDLACGIHGYSVKMGLIESQVAVATALVGVYSNWDMGSARKLFEQTPNRDVVLCSALVSAAVSNGEYLESFKLLEEMLLSDVQPNHVTFSSVLPACAELGALKMGREIHGYSIKRSFYHHTVLHNSILDMYSKCRHLEAALDVFERMQNKDVVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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