当前解析结果
SmilChr08G004343| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004343 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004343 |
| 描述 | elicitor-responsive protein 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 53112041 - 53113618 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999070 |
|---|---|
| GeneID | 130999070 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999070 |
| 原始查询 | SmilChr08G004343 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | elicitor-responsive protein 3 |
| 产物 | elicitor-responsive protein 3 |
| Arabidopsis | AT4G00467 (AT4G00467)Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240657] identity=42.5; qcov=0.916; evalue=8.69e-48; confidence=medium |
| Rice | Os04g0531100 (OsERG3)- identity=37; qcov=0.665; evalue=2.1e-19; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999070 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057780525.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057780525.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780525.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780525.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780525.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:53112654 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr8:53112654 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr8:53112985 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B37,B68 |
Chr8:53113179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B24,C14,C39 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780525.1PF00168
C2 20-111 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780525.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 20 | 111 | 9e-09 | 36.2 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。