当前解析结果
SmilChr08G004346| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004346 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004346 |
| 描述 | heat stress transcription factor B-4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 53124856 - 53125613 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998668 |
|---|---|
| GeneID | 130998668 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998668 |
| 原始查询 | SmilChr08G004346 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat stress transcription factor B-4-like |
| 产物 | heat stress transcription factor B-4-like |
| Arabidopsis | AT1G46264 (HSFB4)heat shock transcription factor B4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841110] identity=61.1; qcov=0.732; evalue=6.1e-57; confidence=high |
| Rice | Os03g0366800 (OsHsfB4d)- identity=48.3; qcov=0.654; evalue=7.15e-35; confidence=medium |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998668 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057780065.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780065.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780065.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780065.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057780065.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:53124884 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:53124888 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 82 | A13,A15,A18,A19,A20,A22,A25,A6,A7,A9,B105,B106,B108,B109,B117,B122,B124,B125,B135,B14,B140,B17,B20,B21,B22,B27,B29,B30,B37,B43,B45,B58,B61,B65,B68,B74,B76,B82,B87,B88,B90,B91,B93,B95,C1,C11,C13,C15,C16,C17,C18,C20,C22,C26,C3,C32,C34,C37,C4,C40,C42,C45,C48,C52,C59,C6,C64,C66,C67,C68,C69,C71,C72,C73,C75,C77,C8,C81,C9,D1,D11,D7 |
Chr8:53124896 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B48,B57,B79,C76 |
Chr8:53124906 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C81 |
Chr8:53124906 |
C |
CAA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr8:53124907 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 76 | A1,A13,A20,A5,A7,B10,B100,B102,B103,B104,B106,B114,B128,B130,B131,B134,B137,B16,B2,B23,B3,B35,B4,B42,B43,B47,B48,B5,B55,B57,B62,B7,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B82,B85,B86,B9,B97,B98,B99,C1,C12,C18,C19,C2,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C30,C34,C35,C36,C38,C39,C45,C50,C57,C58,C64,C65,C66,C7,C76,C78,C79,C87,D8,D9 |
Chr8:53125021 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr8:53125111 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C24 |
Chr8:53125141 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B136 |
Chr8:53125141 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr8:53125228 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr8:53125285 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 53 | A13,A20,A5,B1,B10,B101,B114,B123,B128,B132,B137,B2,B23,B3,B35,B42,B43,B47,B48,B5,B51,B55,B57,B62,B7,B72,B73,B78,B79,B85,B9,B94,B97,B98,B99,C12,C23,C24,C28,C3,C35,C38,C39,C45,C58,C64,C66,C76,C78,C80,C87,D8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780065.1PF00447
HSF_DNA-bind 21-62 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780065.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 21 | 62 | 1.6e-07 | 32.5 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。