Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004360`

染色体: Chr08 坐标: 53327651-53334990 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004360`
名称	SmilChr08G004360
描述	origin of replication complex subunit 5
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	53327651 - 53334990 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999088`
GeneID	`130999088`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999088`
原始查询	`SmilChr08G004360`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	origin of replication complex subunit 5
产物	origin of replication complex subunit 5
Arabidopsis	`AT4G29910` (ORC5) origin recognition complex protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829114] identity=58; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0759500` (OsORC5) - identity=50; qcov=0.92; evalue=2.25e-144; confidence=high
GO	GO:0003688 (DNA replication origin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005664 (nuclear origin of replication recognition complex); GO:0006260 (DNA replication); GO:0006270 (DNA replication initiation)
KEGG	-
Pfam	PF13191 (AAA_16); PF14630 (ORC5_C); PF21639 (ORC5_lid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780552.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057780552.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057780552.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780552.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780552.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:53332234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C50
`Chr8:53333113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr8:53333158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,C44,C49
`Chr8:53334016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:53334229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780552.1

539 aa

270

539

AAA_16

ORC5_lid

ORC5_C

PF13191 AAA_16 58-206 aa PF21639 ORC5_lid 272-323 aa PF14630 ORC5_C 378-536 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780552.1`	Pfam	`PF13191`	AAA_16	Domain	58	206	8.2e-14	53.2	AAA ATPase domain
`XP_057780552.1`	Pfam	`PF21639`	ORC5_lid	Domain	272	323	4.5e-09	36.9	ORC5, lid domain
`XP_057780552.1`	Pfam	`PF14630`	ORC5_C	Domain	378	536	4.1e-38	131.8	Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924569.1
AGAATTCCCTCCAGCAGCCAAAAAATAAGAATTCCCTCCAAAAAAGAGAGCCCCATTCTCGCAATCGCCTCAGCGCCGCCTCGCATCCCCTCTTCTCCCTCGTCTGAATTTTCAATTCCAGAGTTTGGAACTCAGCAGCAGATTCGAGAAAAGAGATGGCTAAAGATGGAAGTCCACAAGTTAGTAGAAGAGCCAGAAGGGCATCTCTGAATACGACTACTCCGAACTCAAAAGCTCCAAAGGCTGCTAACATTTCGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999088
ATGGCTAAAGATGGAAGTCCACAAGTTAGTAGAAGAGCCAGAAGGGCATCTCTGAATACGACTACTCCGAACTCAAAAGCTCCAAAGGCTGCTAACATTTCGCAGCCTTTGACTATTAAAGACCTCGTGTTCCATGGTGAATCAATAAGCCTTGATGAGCTGATCAATTCGTTTCCGGGAAGAAGAGCACAAATTCTTGAATTGGTCCAGTTTTTGGGACCTCTGAATTCACCCACGATTCCCTTATTTGTCTATGGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780552.1
MAKDGSPQVSRRARRASLNTTTPNSKAPKAANISQPLTIKDLVFHGESISLDELINSFPGRRAQILELVQFLGPLNSPTIPLFVYGGASTGKTSTVLYMFRHLKRPFIYCSCVSCYSPRILFESILNQLLLHRKNESGGYLSAKRCEKPSDFVNLLREALTALIDILKGNMGKSSSKKSSSQVNGRMVYLVFDHLELVREWDKSDSIIPLLFNLYNLLKIPEVGLIFISKASLDTFQSDTGFVEPFPVYFPDYTEDDLRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器