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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004368

染色体: Chr08 坐标: 53422902-53434615 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004368
名称SmilChr08G004368
描述ATP-dependent helicase BRM
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53422902 - 53434615 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999096
GeneID130999096
locus_tag-
NCBI NameLOC130999096
原始查询SmilChr08G004368

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATP-dependent helicase BRM
产物ATP-dependent helicase BRM
ArabidopsisAT2G46020 (BRM)
transcription regulatory protein SNF2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819210]
identity=61.3; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0114000
-
identity=58.3; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0045944 (positive regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0140658 (ATP-dependent chromatin remodeler activity)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00176 (SNF2-rel_dom); PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04851 (ResIII); PF08880 (QLQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780564.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780564.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780564.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780564.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780564.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:53423665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B59,B89,C65
Chr8:53423827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr8:53425176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:53425306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:53425695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:53425720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr8:53425768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B126,B77,C19,C47
Chr8:53425845 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr8:53426084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:53426167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr8:53426236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B126,B77,C19,C47
Chr8:53426329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B126,B77,C19,C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780564.1
2229 aa
N
1
1114
2229
ResIII
SNF2-rel_dom
DEAD
Helicase_C
C
PF04851 ResIII 1003-1163 aa PF00176 SNF2-rel_dom 1007-1309 aa PF00270 DEAD 1024-1167 aa PF00271 Helicase_C 1331-1443 aa
XP_057780565.1
2228 aa
N
1
1114
2228
QLQ
ResIII
SNF2-rel_dom
DEAD
Helicase_C
C
PF08880 QLQ 479-512 aa PF04851 ResIII 1002-1162 aa PF00176 SNF2-rel_dom 1006-1308 aa PF00270 DEAD 1023-1166 aa PF00271 Helicase_C 1330-1442 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780564.1 Pfam PF04851 ResIII Family 1003 1163 2.3e-09 38.1 Type III restriction enzyme, res subunit
XP_057780564.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1007 1309 1.1e-85 288.0 SNF2-related domain
XP_057780564.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 1024 1167 2.3e-08 34.7 DEAD/DEAH box helicase
XP_057780564.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1331 1443 4e-23 82.5 Helicase conserved C-terminal domain
XP_057780565.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 479 512 1.3e-08 35.1 QLQ
XP_057780565.1 Pfam PF04851 ResIII Family 1002 1162 2.3e-09 38.1 Type III restriction enzyme, res subunit
XP_057780565.1 Pfam PF00176 SNF2-rel_dom Domain 1006 1308 1.1e-85 288.0 SNF2-related domain
XP_057780565.1 Pfam PF00270 DEAD Domain 1023 1166 2.3e-08 34.7 DEAD/DEAH box helicase
XP_057780565.1 Pfam PF00271 Helicase_C Domain 1330 1442 4e-23 82.5 Helicase conserved C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924581.1
CCCCCAAACTCAAAGAAAAAAATGGAAATTGCGTGAAATTTGCTCTCACTATCTCTCTCTCTCACACACACACGCACTCTGAGTGAGGGAATTATAGTGCGAGAAAAAAAGATTTCCGGCAAATTCGGAAAATCGCCGGCCATCAGATCGATCCGGGTCCCCTTCGATTTCGCGCCAAAAATCCCAAAATTTTCTGGATAAAAGAATGGTTTGAGAAGATTTCAGGGGGACGTATATATTGTGAGGATGCGTGCCCTTAA...
XM_057924582.1
CCCCCAAACTCAAAGAAAAAAATGGAAATTGCGTGAAATTTGCTCTCACTATCTCTCTCTCTCACACACACACGCACTCTGAGTGAGGGAATTATAGTGCGAGAAAAAAAGATTTCCGGCAAATTCGGAAAATCGCCGGCCATCAGATCGATCCGGGTCCCCTTCGATTTCGCGCCAAAAATCCCAAAATTTTCTGGATAAAAGAATGGTTTGAGAAGATTTCAGGGGGACGTATATATTGTGAGGATGCGTGCCCTTAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999096
ATGCAATCCGGTGGTGGGCCCCAACAGGGCGGAGGCGGTGGCCATGGCCGGAGTAATGCCGCTTCAGCCTCTGCTTCTCCGTCCTCGTCGTCGTCCGCTGTGTCCGCATTTGATCAGCAACAACAGCAGAGGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGAGACAGCAGCAGCATCAGCAACAGCAGAGACAGTCGATGGCTCAACAGTTTTTGAGGAGACCTGAAGGGAATGATGCCCTTCTGGCGTACCAAGCTGGCACAAT...
LOC130999096
ATGCAATCCGGTGGTGGGCCCCAACAGGGCGGAGGCGGTGGCCATGGCCGGAGTAATGCCGCTTCAGCCTCTGCTTCTCCGTCCTCGTCGTCGTCCGCTGTGTCCGCATTTGATCAGCAACAACAGCAGAGGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGAGACAGCAGCAGCATCAGCAACAGCAGAGACAGTCGATGGCTCAACAGTTTTTGAGGAGACCTGAAGGGAATGATGCCCTTCTGGCGTACCAAGCTGGCACAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057780564.1
MQSGGGPQQGGGGGHGRSNAASASASPSSSSSAVSAFDQQQQQRQQQQQQQQRQQQHQQQQRQSMAQQFLRRPEGNDALLAYQAGTIHGPLGATNFSAASGSMQLPQQPRKFIDLGQQHGSPNIQEQSLNRSQGVEQQMLNPIQQAYLQYAFQSAQQKSTLGMQSQQQVRPAMFGSLGKDQEMRMASMKMQELISMQAANQSQGSSSKKPSEQVAQSDKHADNSHRPASDQRSESKPNHPPLGGQGIQSAPMQAPQSQQN...
XP_057780565.1
MQSGGGPQQGGGGGHGRSNAASASASPSSSSSAVSAFDQQQQQRQQQQQQQQRQQQHQQQQRQSMAQQFLRRPEGNDALLAYQAGTIHGPLGATNFSAASGSMQLPQQPRKFIDLGQQHGSPNIQEQSLNRSQGVEQQMLNPIQQAYLQYAFQSAQQKSTLGMQSQQQVRPAMFGSLGKDQEMRMASMKMQELISMQAANQSQGSSSKKPSEQVAQSDKHADNSHRPASDQRSESKPNHPPLGGQGIQSAPMQAPQSQQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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