Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004373`

染色体: Chr08 坐标: 53504049-53508165 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004373`
名称	SmilChr08G004373
描述	protein DETOXIFICATION 34
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	53504049 - 53508165 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999100`
GeneID	`130999100`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999100`
原始查询	`SmilChr08G004373`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DETOXIFICATION 34
产物	protein DETOXIFICATION 34
Arabidopsis	`AT4G00350` (AT4G00350) MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827306] identity=70.7; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0562800` (P0543D10.17-2) - identity=56.6; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01554 (MatE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999100

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057780573.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057780573.1`
3	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057780573.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780573.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780573.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:53506418`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B138,B46,C24
`Chr8:53506470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B126,B46,C41,C49
`Chr8:53506515`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr8:53507044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C4,C82
`Chr8:53507185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr8:53507299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B7,B80,D10
`Chr8:53507629`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B51,B52
`Chr8:53507857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr8:53507868`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C31
`Chr8:53508042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780573.1

501 aa

250

501

MatE

PF01554 MatE 65-223 aa PF01554 MatE 285-446 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780573.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	65	223	5.8e-54	182.9	MatE
`XP_057780573.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	285	446	5.8e-54	182.9	MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924590.1
CTCACCCTCTTCAACAGCAACGTCGTCACCAGACTCAAGTCAGAGCATGGTTACCTTGGAAATTGAGAGACCGTATTCTGACACCCAATCGACGTCTGATGAGCATCAGATGCTCCACGAGGCGCCCTCCTTGTTCATCCCACATGGCGAGGAGGGCGACTCTCCACCCTTGGAGAATTTCGAGGATGCCAAACGTATGTTCTATGTAGAATCAGTTAAATTATGGTCTATTGCAGCCCCCATTGCCTTCAACATCCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999100
ATGGTTACCTTGGAAATTGAGAGACCGTATTCTGACACCCAATCGACGTCTGATGAGCATCAGATGCTCCACGAGGCGCCCTCCTTGTTCATCCCACATGGCGAGGAGGGCGACTCTCCACCCTTGGAGAATTTCGAGGATGCCAAACGTATGTTCTATGTAGAATCAGTTAAATTATGGTCTATTGCAGCCCCCATTGCCTTCAACATCCTGTGTAACTACGGCATCAATTCGTTCACGAGCATCTTCGTCGGGCACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780573.1
MVTLEIERPYSDTQSTSDEHQMLHEAPSLFIPHGEEGDSPPLENFEDAKRMFYVESVKLWSIAAPIAFNILCNYGINSFTSIFVGHIGDLELSGVAISLSVIANFSFGFLLGMASALETLCGQAYGAGEIDMLGVYMQRSCLILTGACVCLLPIYIFSKQLLKLLGQRHDIADIAGKFSVYIIPQMFSLAVNFTTQKFLQAQSRVAVLAWVGFFAFVSHIGLLFLFISVFKWGLAGAAVAYDISAWGIALAQVAYIVGWC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器