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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004387

染色体: Chr08 坐标: 53621175-53628318 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004387
名称SmilChr08G004387
描述ferric reduction oxidase 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53621175 - 53628318 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999109
GeneID130999109
locus_tag-
NCBI NameLOC130999109
原始查询SmilChr08G004387

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ferric reduction oxidase 2-like
产物ferric reduction oxidase 2-like
ArabidopsisAT1G01580 (FRO2)
ferric reduction oxidase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839411]
identity=51.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0578600 (OsFRO2)
-
identity=53; qcov=0.578; evalue=2.78e-147; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF01794 (Ferric_reduct); PF08022 (FAD_binding_8); PF08030 (NAD_binding_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999109

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057780589.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057780589.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057780589.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780589.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780589.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:53621453 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B122
Chr8:53621453 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B122
Chr8:53621456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr8:53621618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B89,C19,C47
Chr8:53621774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B60
Chr8:53621885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,D11
Chr8:53621914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:53621941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B86
Chr8:53621974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr8:53621986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr8:53622055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,B91
Chr8:53622138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780589.1
704 aa
N
1
352
704
Ferric_reduct
FAD_binding_8
NAD_binding_6
C
PF01794 Ferric_reduct 166-286 aa PF08022 FAD_binding_8 319-417 aa PF08030 NAD_binding_6 424-504 aa
XP_057780590.1
703 aa
N
1
352
703
Ferric_reduct
FAD_binding_8
NAD_binding_6
C
PF01794 Ferric_reduct 165-285 aa PF08022 FAD_binding_8 318-416 aa PF08030 NAD_binding_6 423-503 aa
XP_057780591.1
702 aa
N
1
351
702
Ferric_reduct
FAD_binding_8
NAD_binding_6
C
PF01794 Ferric_reduct 164-284 aa PF08022 FAD_binding_8 317-415 aa PF08030 NAD_binding_6 422-502 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780589.1 Pfam PF01794 Ferric_reduct Domain 166 286 1.1e-19 71.5 Ferric reductase like transmembrane component
XP_057780589.1 Pfam PF08022 FAD_binding_8 Domain 319 417 8.4e-22 78.1 FAD-binding domain
XP_057780589.1 Pfam PF08030 NAD_binding_6 Domain 424 504 5.3e-21 76.0 Ferric reductase NAD binding domain
XP_057780590.1 Pfam PF01794 Ferric_reduct Domain 165 285 1e-19 71.5 Ferric reductase like transmembrane component
XP_057780590.1 Pfam PF08022 FAD_binding_8 Domain 318 416 8.2e-22 78.1 FAD-binding domain
XP_057780590.1 Pfam PF08030 NAD_binding_6 Domain 423 503 5.3e-21 76.0 Ferric reductase NAD binding domain
XP_057780591.1 Pfam PF01794 Ferric_reduct Domain 164 284 1e-19 71.5 Ferric reductase like transmembrane component
XP_057780591.1 Pfam PF08022 FAD_binding_8 Domain 317 415 8.3e-22 78.1 FAD-binding domain
XP_057780591.1 Pfam PF08030 NAD_binding_6 Domain 422 502 5.3e-21 76.0 Ferric reductase NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924608.1
CACTAGTCCATTACCAAGCTGACATAACATTTTCAAGTCACCAAAGAAAAGAAAAAAAAAACTATATATACACAACCCTTTTGCCTTCTCACTTTCCTTCCAACCAAACGAGCCGAGTTCGAGTTCGAGTTTGACGCGCTAGAATGGCCTCGTCCGGCGTGATCAATGCCATTAGATCAGCAATTCTGTTGCTGGCTCTTGTGATATTTCTGGGGAATATTATGATGTGGATCATCATGCCAACTGATACTTACTACACT...
XM_057924607.1
CACTAGTCCATTACCAAGCTGACATAACATTTTCAAGTCACCAAAGAAAAGAAAAAAAAAACTATATATACACAACCCTTTTGCCTTCTCACTTTCCTTCCAACCAAACGAGCCGAGTTCGAGTTCGAGTTTGACGCGCTAGAATGGCCTCGTCCGGCGTGATCAATGCCATTAGATCAGCAATTCTGTTGCTGGCTCTTGTGATATTTCTGGGGAATATTATGATGTGGATCATCATGCCAACTGATACTTACTACACT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999109
ATGGCCTCGTCCGGCGTGATCAATGCCATTAGATCAGCAATTCTGTTGCTGGCTCTTGTGATATTTCTGGGGAATATTATGATGTGGATCATCATGCCAACTGATACTTACTACACTATTTGGGTGCCCCATCTCATGGCTGCTACAAATTCAAGCTTCTTTGGAATACAAGGTCCAATCATGATGGATTTCACATTTCCCATTCTGCTGATTGCTGTTTTGGGATGCTTTTATCTGCATTTGGGGAAGAAGGAAAATGC...
LOC130999109
ATGGCCTCGTCCGGCGTGATCAATGCCATTAGATCAGCAATTCTGTTGCTGGCTCTTGTGATATTTCTGGGGAATATTATGATGTGGATCATCATGCCAACTGATACTTACTACACTATTTGGGTGCCCCATCTCATGGCTGCTACAAATTCAAGCTTCTTTGGAATACAAGGTCCAATCATGATGGATTTCACATTTCCCATTCTGCTGATTGCTGTTTTGGGATGCTTTTATCTGCATTTGGGGAAGAAGGAAAATGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780589.1
MASSGVINAIRSAILLLALVIFLGNIMMWIIMPTDTYYTIWVPHLMAATNSSFFGIQGPIMMDFTFPILLIAVLGCFYLHLGKKENAVTKSSSKARSLRLMRRPMIVKGLGIVTLTEIALFTMFIALCAWYFGGYVRHWFEQVYQRSLSKHEQVWQTKLDRVGIVTGVTGNLCLTFLFYPVTRGSSILPMLGLTSEASIKYHIWLGNLAMALFTVHGSIYFLYWIITHRLSEALKWGDNYVSNVAGEMSLLCGLAMWITS...
XP_057780590.1
MASSGVINAIRSAILLLALVIFLGNIMMWIIMPTDTYYTIWVPHLMAATNSSFFGIQGPIMMDFTFPILLIAVLGCFYLHLGKKENAVTKSSKARSLRLMRRPMIVKGLGIVTLTEIALFTMFIALCAWYFGGYVRHWFEQVYQRSLSKHEQVWQTKLDRVGIVTGVTGNLCLTFLFYPVTRGSSILPMLGLTSEASIKYHIWLGNLAMALFTVHGSIYFLYWIITHRLSEALKWGDNYVSNVAGEMSLLCGLAMWITSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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