Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004388`

染色体: Chr08 坐标: 53645417-53645818 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004388`
名称	SmilChr08G004388
描述	uncharacterized SmilChr08G004388
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	53645417 - 53645818 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998676`
GeneID	`130998676`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998676`
原始查询	`SmilChr08G004388`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832006]; symbol=AT5G18880; hit=AT5G18880; species=arabidopsis; confidence=low
产物	RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832006]; symbol=AT5G18880; hit=AT5G18880; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G18880` (AT5G18880) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832006] identity=33.3; qcov=0.767; evalue=2.19e-11; confidence=low
Rice	`Os02g0118800` - identity=27.2; qcov=0.774; evalue=6.84e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057780073.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057780073.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057780073.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780073.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780073.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:53645423`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B124,B133,B137,B138,B70,B9,C22,C36,C39,C68
`Chr8:53645531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:53645533`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	C2,C3
`Chr8:53645533`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	C2,C3
`Chr8:53645542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A20,B113,B91,C78
`Chr8:53645542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B113,B91,C78
`Chr8:53645559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	75	A13,A20,A22,A3,B104,B107,B113,B114,B117,B122,B124,B125,B130,B136,B137,B138,B140,B15,B20,B23,B24,B26,B27,B33,B37,B4,B40,B56,B59,B63,B65,B68,B69,B70,B72,B73,B75,B90,B91,B92,B96,B99,C12,C19,C2,C22,C26,C27,C28,C3,C32,C37,C38,C39,C45,C48,C49,C5,C51,C53,C57,C6,C68,C71,C74,C78,C79,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D1
`Chr8:53645590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	85	A13,A2,A21,A24,A5,A6,A7,B1,B10,B101,B104,B109,B11,B111,B119,B120,B123,B124,B127,B13,B130,B136,B139,B14,B18,B19,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B3,B31,B34,B35,B42,B43,B46,B48,B49,B60,B61,B62,B64,B67,B69,B7,B75,B76,B79,B85,B86,B89,B9,B95,B99,C10,C14,C16,C17,C18,C23,C24,C27,C31,C35,C36,C38,C43,C45,C47,C53,C56,C58,C63,C70,C75,C78,C8,C86,D1,D10,D2,D4
`Chr8:53645605`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	22	A14,B10,B104,B122,B16,B30,B71,B80,B85,B9,B90,B92,B94,B97,C12,C13,C14,C18,C25,C30,C40,D9
`Chr8:53645618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	77	A10,A11,A14,A15,A19,A2,A8,B100,B105,B106,B108,B109,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B134,B19,B21,B22,B27,B28,B38,B39,B40,B44,B51,B54,B55,B6,B62,B65,B67,B7,B74,B77,B78,B80,B82,B84,B89,B93,C10,C11,C13,C16,C19,C20,C22,C25,C26,C27,C29,C34,C35,C37,C48,C50,C52,C55,C57,C59,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C72,C74,C75,C79,C9,D1,D9
`Chr8:53645621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:53645628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780073.1

133 aa

133

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 2-42 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780073.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	2	42	4.6e-10	40.7	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924090.1
ATGACAACATGTGATAGACTGCAGAAATTTGGTATCCAATGTGACCAAGCTTGTTGTTTGTGTTCACAAGGGAATGAATCACTCAATCACCTGTTTTTCTTGTGTCCGTATTCTGTCAATGTGTGGGATAAGCTTGCTACGTGGTGTGGTGTTCGAAGGAAAGCTGGAGCTTGGGATGATGAAGTGGAGTATTTAGAAAGACAAGGAGCCTCGAAGACGGGGAAGCAGCTTATGTATAGACTGTTGGTGGCAACAGCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998676
ATGACAACATGTGATAGACTGCAGAAATTTGGTATCCAATGTGACCAAGCTTGTTGTTTGTGTTCACAAGGGAATGAATCACTCAATCACCTGTTTTTCTTGTGTCCGTATTCTGTCAATGTGTGGGATAAGCTTGCTACGTGGTGTGGTGTTCGAAGGAAAGCTGGAGCTTGGGATGATGAAGTGGAGTATTTAGAAAGACAAGGAGCCTCGAAGACGGGGAAGCAGCTTATGTATAGACTGTTGGTGGCAACAGCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780073.1
MTTCDRLQKFGIQCDQACCLCSQGNESLNHLFFLCPYSVNVWDKLATWCGVRRKAGAWDDEVEYLERQGASKTGKQLMYRLLVATAVYHIWREMNKRRFNDKASHEDSVIRQCQLMMLVKGELNPKVHKMFVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器