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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004424

染色体: Chr08 坐标: 53934420-53938248 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004424
名称SmilChr08G004424
描述uncharacterized SmilChr08G004424
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53934420 - 53938248 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999155
GeneID130999155
locus_tag-
NCBI NameLOC130999155
原始查询SmilChr08G004424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831250]; symbol=AT5G14020; hit=AT5G14020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831250]; symbol=AT5G14020; hit=AT5G14020; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G14020 (AT5G14020)
Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831250]
identity=59; qcov=0.952; evalue=2.25e-33; confidence=medium
RiceOs11g0514800
-
identity=56.6; qcov=0.943; evalue=7.66e-27; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780642.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780642.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780642.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780642.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:53935297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B8
Chr8:53935306 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 16 B109,B121,B129,B140,B16,B47,B63,B73,B81,B85,C3,C46,C56,C72,C76,C83
Chr8:53935310 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B67,C78
Chr8:53935310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,C78
Chr8:53935311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:53935907 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B132,B57,C29
Chr8:53935907 G GGA 2bp_insertion CDS_variant 3 B132,B57,C29
Chr8:53936230 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A18,B129,B14,B79,C15,C38
Chr8:53936248 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 70 A11,A13,A14,A15,A20,A3,B1,B103,B106,B11,B111,B115,B117,B118,B13,B134,B136,B15,B18,B2,B21,B22,B26,B30,B38,B39,B44,B46,B49,B56,B58,B60,B64,B65,B68,B7,B71,B78,B80,B84,B88,B96,B97,C15,C17,C18,C23,C25,C29,C34,C35,C36,C37,C39,C43,C44,C50,C55,C6,C61,C70,C72,C79,C83,C84,C86,D2,D5,D7,D9
Chr8:53936283 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 17 B10,B109,B121,B140,B16,B47,B63,B73,B81,B85,C21,C3,C46,C56,C76,C80,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093426.1
ACATCCCTCAAGGTCAAAGCCACATCTCAAAATTTCCATCCATGGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGTCTCAATTTCTCTCACAATATGAGTTTCCAGTCTCACCAGCAATTTTCCAACAATCCCGCCCCCAATCCCAACCCTAATCCGCCGCCCATTCTCATCTTATTCTTCTTCGGCCTCTCTGAGTCCGGATTTGAAAAATGCCCTGTGATTTTTATTTCTGTTTCATTGTAGTCCTACTGACTGAAGAACTCTT...
XR_009093425.1
CCTCAAGGTCAAAGCCACATCTCAAAATTTCCATCCATGGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGTCTCAATTTCTCTCACAATATGAGTTTCCAGTCTCACCAGCAATTTTCCAACAATCCCGCCCCCAATCCCAACCCTAATCCGCCGCCCATTCTCATCTTATTCTTCTTCGGCCTCTCTGAGTCCGGATTTGAAAAATGCCCTGTGATTTTTATTTCTGTTTCATTGTAGTCCTACTGACTGAAGAACTCTTCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999155
ATGCAACTGTCTGTGAAGAAGAGACTAGCTTGTGAACAGTTGAGTTTCTATGCTCAGGCGTATAACTGTTTATCGGACAAGAATGAGAGCAGTGCAGCTCTGAAGAATCAACTATTCTTCCTCAAGTTGAAGCTTCTGGAAGCTAAGGCTGCAGCTTACTACTATCACCGTGTAATCCTAGACAAGGGCACAGAGCCTTCCTGCCATGTCAGCGTCGTCTGCTGCTCTCTTGCTACAGAGGAGTTGCTGGTCGAGAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780642.1
MQLSVKKRLACEQLSFYAQAYNCLSDKNESSAALKNQLFFLKLKLLEAKAAAYYYHRVILDKGTEPSCHVSVVCCSLATEELLVESKKAYLTFCLADPITRRWLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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