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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004437`

染色体: Chr08 坐标: 54063400-54066561 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004437`
名称	SmilChr08G004437
描述	E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54063400 - 54066561 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999162`
GeneID	`130999162`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999162`
原始查询	`SmilChr08G004437`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase At1g12760-like
Arabidopsis	`AT3G61180` (AT3G61180) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825290] identity=61.2; qcov=1; evalue=3.08e-161; confidence=high
Rice	`Os02g0674700` - identity=64.6; qcov=0.903; evalue=2.96e-148; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999162

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057780644.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057780644.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780644.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780644.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780644.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54063809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B35
`Chr8:54064551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr8:54064565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr8:54065781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr8:54066067`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B79
`Chr8:54066067`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B79
`Chr8:54066117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,B41,D11
`Chr8:54066165`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	28	B100,B101,B105,B11,B112,B120,B132,B137,B16,B17,B24,B25,B35,B45,B48,B5,B59,B61,B72,B79,C12,C37,C44,C55,C56,C67,C72,D9
`Chr8:54066179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr8:54066213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr8:54066266`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B120,B72,C67,C87
`Chr8:54066277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B72,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780644.1

382 aa

191

382

zf-RING_11

zf-RING_2

PF17123 zf-RING_11 325-353 aa PF13639 zf-RING_2 325-367 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780644.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	325	353	3.9e-08	33.6	RING-like zinc finger
`XP_057780644.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	325	367	1.4e-13	51.6	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924661.1
GCAATAGATAAAGAGATTAACGTTGCAAATTTAAGATTCTCGTGAAGATATAATAAAAATTCGTATCACAATCTATCAGAATTTATTACTCCCCATCTGATCCAATCGATACCGAATTTTGGACCGTGCGATCAAAGCTCCCAATCGCAAAGAGAGAGAGAGAGCACGAAAAAAAAAAATTCAATCATCACTGACACACCCAAAATATAGAGAAAACCAGAAACTCGAATTTCTTCTAGCAATTGAAACGATGTCGTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999162
ATGTCGTCGAACAACGACAGCCCGTCGTCGCCCACGGCGGCCGCCGCCGTCGACACTACGCCGTTCCTCGGCGACCAGAGCCCCAGCAATCGCTCCCGCTTCCTCGGCCTCCGCGGCGCCGCCCGCTTCCTCCGCCGAGCCAGCAGCCGCGGCCGCTCGATGCGGGAGCCCTCCGTCCGCGTCCGCGAAGCTGCGGCGGAGCAAATCGAGGAGCGCCAGAGCGATTGGGCCTACTCGAAGCCGATAGTGATATTGGACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780644.1
MSSNNDSPSSPTAAAAVDTTPFLGDQSPSNRSRFLGLRGAARFLRRASSRGRSMREPSVRVREAAAEQIEERQSDWAYSKPIVILDLVWNLAFVIVSISVLIMSRGEHPSMPLRLWIVGYALQCALHMVCVSAEYMKRYSQRNPEGSERGRDAYSRNYSNSSSGSDDVESGGYASERRQSDDETSVAKHLESANTMFSFIWWIIGFYWVSAGGPDLTAESPQLYWLSITFLAFDVFFVVICVAVACIVGIAVCCCLPCII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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