当前解析结果
SmilChr08G004444| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004444 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004444 |
| 描述 | F-box protein PP2-A13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 54151691 - 54153780 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999168 |
|---|---|
| GeneID | 130999168 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999168 |
| 原始查询 | SmilChr08G004444 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box protein PP2-A13-like |
| 产物 | F-box protein PP2-A13-like |
| Arabidopsis | AT3G61060 (PP2-A13)phloem protein 2-A13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825278] identity=58.8; qcov=0.98; evalue=1.34e-124; confidence=high |
| Rice | Os02g0675800 (OsFbox105)- identity=54.1; qcov=0.99; evalue=1.47e-112; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14299 (PP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999168 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057780652.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057780652.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057780652.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780652.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780652.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:54152084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr8:54152162 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B15,B79,C21 |
Chr8:54152162 |
A |
ATT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | B15,B79,C21 |
Chr8:54152167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,D3 |
Chr8:54152380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr8:54153453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B50,D11 |
Chr8:54153618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,B74 |
Chr8:54153637 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780652.1PF14299
PP2 115-273 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780652.1 |
Pfam | PF14299 |
PP2 | Family | 115 | 273 | 9.3e-41 | 140.0 | Phloem protein 2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。