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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004444

染色体: Chr08 坐标: 54151691-54153780 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004444
名称SmilChr08G004444
描述F-box protein PP2-A13-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54151691 - 54153780 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999168
GeneID130999168
locus_tag-
NCBI NameLOC130999168
原始查询SmilChr08G004444

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein PP2-A13-like
产物F-box protein PP2-A13-like
ArabidopsisAT3G61060 (PP2-A13)
phloem protein 2-A13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825278]
identity=58.8; qcov=0.98; evalue=1.34e-124; confidence=high
RiceOs02g0675800 (OsFbox105)
-
identity=54.1; qcov=0.99; evalue=1.47e-112; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF14299 (PP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999168

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780652.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780652.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057780652.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780652.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780652.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54152084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr8:54152162 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B15,B79,C21
Chr8:54152162 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 3 B15,B79,C21
Chr8:54152167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,D3
Chr8:54152380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr8:54153453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,D11
Chr8:54153618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B74
Chr8:54153637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780652.1
295 aa
N
1
148
295
PP2
C
PF14299 PP2 115-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780652.1 Pfam PF14299 PP2 Family 115 273 9.3e-41 140.0 Phloem protein 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924669.1
CTTTTCTTTTTCCGAGACTATAAATAACCTCACTTTTCTCATTCTCTCTCTTTACTTCATATCTCTCTCTCTAAACAGAGCCCCACTTCTGCAATTTCCGGCCACCGGAATGGGCGCGAACGCTTCTTCTATGGCGGGAGAGCCCGCAGGCCCGAGACCCAGGCCCAGATTGGAGGATATACCTGAATCATGTGTCGCCCTAGCGCTCTCCTACCTCGACCCGCCCGAGATCGCCAAGATGGCCCGTATTAATCGGGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999168
ATGGGCGCGAACGCTTCTTCTATGGCGGGAGAGCCCGCAGGCCCGAGACCCAGGCCCAGATTGGAGGATATACCTGAATCATGTGTCGCCCTAGCGCTCTCCTACCTCGACCCGCCCGAGATCGCCAAGATGGCCCGTATTAATCGGGCTTTCCGGGCCGCGTCCTCGGCGGATTTTATCTGGGTTCCGAAATTGCCCTCCAATTTTGAGTATATCCTCTCGAAGCTGCCTGATCAGGCCCTTCGGGATAAGGGCAGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780652.1
MGANASSMAGEPAGPRPRPRLEDIPESCVALALSYLDPPEIAKMARINRAFRAASSADFIWVPKLPSNFEYILSKLPDQALRDKGRMDIYAGLCRPNTFDGGTKEVWIDRRSGGVCLAISSKAMAITGIDDRRYWNHIPTDESRFQTVAYLQQIWWLEVDGELEFQLPEGSYSLFFRLHLGKVGKRLGRRVCNQENVHGWDLKPAQFQLTTQSGHRAATRCMIEKVGSWASYHVGEFVVEDPNSSTKVKFSLTQIDCTHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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