Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004451`

染色体: Chr08 坐标: 54243642-54245782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004451`
名称	SmilChr08G004451
描述	uncharacterized SmilChr08G004451
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54243642 - 54245782 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999174`
GeneID	`130999174`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999174`
原始查询	`SmilChr08G004451`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	O-glucosyltransferase rumi-like protein (DUF821) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832450]; symbol=AT5G23850; hit=AT5G23850; species=arabidopsis; confidence=high
产物	O-glucosyltransferase rumi-like protein (DUF821) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832450]; symbol=AT5G23850; hit=AT5G23850; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G23850` (AT5G23850) O-glucosyltransferase rumi-like protein (DUF821) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832450] identity=52.6; qcov=0.863; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0642700` - identity=53.3; qcov=0.84; evalue=3.77e-175; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05686 (Glyco_transf_90)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057780658.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057780658.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780658.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780658.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780658.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54244274`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr8:54244293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B20,B5,B83,B93
`Chr8:54244404`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B72,B8,C28,C38,C83
`Chr8:54244425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B101,B133
`Chr8:54244426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C25,C74,D9
`Chr8:54244704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:54244933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C32
`Chr8:54245091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C56
`Chr8:54245339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B58,B97,D4
`Chr8:54245450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B122,B140,C87
`Chr8:54245503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B34,C18,C80
`Chr8:54245549`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780658.1

482 aa

241

482

Glyco_transf_90

PF05686 Glyco_transf_90 80-475 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780658.1`	Pfam	`PF05686`	Glyco_transf_90	Family	80	475	9.1e-179	595.2	Glycosyl transferase family 90

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924675.1
GTGATTAGGCAATGATTATCACTAAGTGTGTGTTTTAGGTGATCAGGAACAAGTCAAACACTGCTAAAACACTCTTAACAACTATTGCACACAAACACATCTAATCTGATGCTGGTTTTAGATCAAATATTGATCAAAACAAACAATTTTTTTCTGGATCATCAAGAATATGATAGACAGGCAACAACAGCCTAGGAGGGCTCAATCCACTGCTGTATTCTTTCTTGCAATCCTCATCATCATTGGCTTGATCACTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999174
ATGATAGACAGGCAACAACAGCCTAGGAGGGCTCAATCCACTGCTGTATTCTTTCTTGCAATCCTCATCATCATTGGCTTGATCACTCAATGGCTTGATGTTTCAATAATCAGAGGATCACTGCTGAAGAAATTTCATATCCAAGATTCATCCTATATATATTCAGAAGAATTTGATTGCTCTCTCAACTGCTCAAACATATCATCACCTCTAAAAAATGATAACATAGAGAGCTCATCAGCTGAGGCATGTCCAGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780658.1
MIDRQQQPRRAQSTAVFFLAILIIIGLITQWLDVSIIRGSLLKKFHIQDSSYIYSEEFDCSLNCSNISSPLKNDNIESSSAEACPDYFKWIHEDLRPWKETGISMEMVEEAKNVAHIRIIVVNGRLYTLSYKKVFQTRDVLTIWGILQLLRLYPGRLPDLDLMLECGDRPVIKKRDYGGLEASPPPPLFHYCGDELSHDIVFPDWSFWGWPELNIKPWQVLKQEIQEGNRRIEWRDREPYAYWKGNTRVGAARRDLAKCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器