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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004469`

染色体: Chr08 坐标: 54344984-54347899 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004469`
名称	SmilChr08G004469
描述	ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54344984 - 54347899 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999192`
GeneID	`130999192`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999192`
原始查询	`SmilChr08G004469`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribosomal RNA small subunit methyltransferase, chloroplastic
产物	ribosomal RNA small subunit methyltransferase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G01860` (PFC1) Ribosomal RNA adenine dimethylase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839283] identity=69.7; qcov=0.826; evalue=1.47e-147; confidence=high
Rice	`Os02g0122900` - identity=70; qcov=0.228; evalue=4.97e-31; confidence=weak
GO	GO:0000179 (rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0031167 (rRNA methylation)
KEGG	-
Pfam	PF00398 (RrnaAD); PF08241 (Methyltransf_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057780677.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057780677.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780677.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780677.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780677.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54345467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:54345470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34
`Chr8:54345612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B50,C26,C34,C49
`Chr8:54345624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr8:54345758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B51,C35,C47,C86
`Chr8:54345800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr8:54346372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B33,B69,C85,D1
`Chr8:54347354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B7,B80,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780677.1

351 aa

176

351

RrnaAD

Methyltransf_11

PF00398 RrnaAD 73-340 aa PF08241 Methyltransf_11 103-157 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780677.1`	Pfam	`PF00398`	RrnaAD	Domain	73	340	1.8e-44	152.6	Ribosomal RNA adenine dimethylase
`XP_057780677.1`	Pfam	`PF08241`	Methyltransf_11	Domain	103	157	3.1e-05	25.2	Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924694.1
AAGTCTTCCAAACTAGTGGTGCCGATTGTTCGCTTGTATACCTCATAATTAATCTTCGTACCTCATAGATTTTGAGTTGCAAAAATTGGCAAGCTTATTGAGAACTTTGGAGTATATTTAGGAAAACCAATCGAAAAATTCAACTGCAAATTGTAATGATTAAAACAAAAATCTAAAATCAGGTTATCTAATCAACGGCTAGAATGAACAGTCTCCTGCATCTCCGGCCAATCCTTTCCTTCCACCAAACCAGAACTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999192
ATGAACAGTCTCCTGCATCTCCGGCCAATCCTTTCCTTCCACCAAACCAGAACTTCAGCTTCACCAGCGGCGCACGATAGCCTCGCCGCCGGCGACCTCGACGGCGCACCGCCGCGCCTACAGGCGAGCAGCACAACCCCCAAAAAGAAACCCAAAAGGCAACAAGACGACTACCACTCCACCCTTAAAGCCCTCAACTCCAAAGGCCGTTTTCCAAGAAAATCTCTTGGGCAGCACTATATGGTAAATGGGTCTGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780677.1
MNSLLHLRPILSFHQTRTSASPAAHDSLAAGDLDGAPPRLQASSTTPKKKPKRQQDDYHSTLKALNSKGRFPRKSLGQHYMVNGSVNEELVAAANVKEGDLVLEIGPGTGSLTNVLVEAGATVLAIEKDPYMASLVRERFNGLGCVKVVEEDFTRSHVRSHMSSFLSANGPADGNSSTAKVVANIPFNISTDVVKQLLPMGDIFSEVVLLLQDEAAQRLVDSSLKSSEHRPINVFVNFYSDPEYKLKVGRSNFFPQPKVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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