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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004470

染色体: Chr08 坐标: 54348449-54350875 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004470
名称SmilChr08G004470
描述uncharacterized SmilChr08G004470
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54348449 - 54350875 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999196
GeneID130999196
locus_tag-
NCBI NameLOC130999196
原始查询SmilChr08G004470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述response regulator 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820940]; symbol=RR1; hit=AT3G16857; species=arabidopsis; confidence=weak
产物response regulator 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820940]; symbol=RR1; hit=AT3G16857; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT3G16857 (RR1)
response regulator 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820940]
identity=54.3; qcov=0.176; evalue=3.34e-22; confidence=weak
RiceOs03g0224200 (ORR1)
-
identity=60; qcov=0.153; evalue=1.35e-21; confidence=weak
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780680.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780680.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780680.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780680.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780680.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54348546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr8:54348624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:54348733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:54348807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:54348942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B87,C36,C37,C40
Chr8:54348991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B118,B73,C87
Chr8:54349010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:54349011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr8:54349037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B32,B6,D2
Chr8:54349038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B91,C2,C58
Chr8:54349067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:54349081 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A20,A25,A9,B118,B122,B2,B21,B54,B59,B76,B78,B93,B95,B99,C17,C19,C25,C31,C35,C39,C45,C46,C53,C58,C74,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780680.1
549 aa
N
1
274
549
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 208-258 aa
XP_057780681.1
459 aa
N
1
230
459
Myb_DNA-binding
C
PF00249 Myb_DNA-binding 118-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780680.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 208 258 6e-08 33.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057780681.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 118 168 4.8e-08 33.7 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924697.1
CTTGTAAAATATTATTTATTATTATTTAGGTTTTTCTGTTAGATAGCTACAGGTTATCTTTTGAAGCTCAATGTATCTTGATGAACACATAGAAGAAAACAGCAGCCTGTTTCCAGAGATGAATGTCAACAAAGCTATCTCTATTGGGATTCTTGTAGTCAATGATGACCTAGCATGCCAAAGCAATGTGGCAGAGGTGCTTCGACGCTGCAATTATGAAGTTTTGCATACTGGAACTGTTTATGGTGCTTTACATTCAA...
XM_057924698.1
TTTCCAGAGATGAATGTCAACAAAGCTATCTCTATTGGGATTCTTGTAGTCAATGATGACCTAGCATGCCAAAGCAATGTGGCAGAGGTGCTTCGACGCTGCAATTATGAAGTTTTGCATACTGGAACTGTTTATGGTGCTTTACATTCAATATGGGAGAACAAGGACAGGCTTGATCTTGTTATGACAAATGCGCAGAAGTTAGAATTGGATGGCGCCGCAATCATCCAAACTATTAAGGAAAGTGATACCTAGTGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999196
ATGTATCTTGATGAACACATAGAAGAAAACAGCAGCCTGTTTCCAGAGATGAATGTCAACAAAGCTATCTCTATTGGGATTCTTGTAGTCAATGATGACCTAGCATGCCAAAGCAATGTGGCAGAGGTGCTTCGACGCTGCAATTATGAAGTTTTGCATACTGGAACTGTTTATGGTGCTTTACATTCAATATGGGAGAACAAGGACAGGCTTGATCTTGTTATGACAAATGCGCAGAAGTTAGAATTGGATGGCGCCGC...
LOC130999196
ATGGCGCCGCAATCATCCAAACTATTAAGGAAAGTGATACCTAGTGATGGGAGGGTCGAGCCCAGAGGCGAGCTGCTTAATTTCTCTGTGTATTTTTTGAGTGGTTTGAGCATAAATGGTGTCAGTAAGCTTCTGAATGCAAAGAGAGTGAAGGAAGACAAAATAGGGGCAGCAGCAAATCAGCAAGAAAATGTTGAGATGGCGTCCATTTCTAATGCAGCCGTTGGAACGAACAAGGCTTCTTCCTTGATTAAGGATGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057780680.1
MYLDEHIEENSSLFPEMNVNKAISIGILVVNDDLACQSNVAEVLRRCNYEVLHTGTVYGALHSIWENKDRLDLVMTNAQKLELDGAAIIQTIKERLKLKVLLIPSDGRVEPRGELLNFSVYFLSGLSINGVSKLLNAKRVKEDKIGAAANQQENVEMASISNAAVGTNKASSLIKDAALVNQKQKAVEVCRERSEGSNDDQYKGKKPRVTWTNEMHQKFLDAIEKLGYDKAVPKKIVEVMGVPGLTRENVASHLQKYRCS...
XP_057780681.1
MAPQSSKLLRKVIPSDGRVEPRGELLNFSVYFLSGLSINGVSKLLNAKRVKEDKIGAAANQQENVEMASISNAAVGTNKASSLIKDAALVNQKQKAVEVCRERSEGSNDDQYKGKKPRVTWTNEMHQKFLDAIEKLGYDKAVPKKIVEVMGVPGLTRENVASHLQKYRCSMRRTQETIFGSLPCIRTRTELGGFGALTSPSTSKDLVFCSRSEGKFSHLSDVRNMMQRRDKHFTSSSDNSGTSKFVGYRFIGNQIDYGPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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