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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004474

染色体: Chr08 坐标: 54365220-54367642 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004474
名称SmilChr08G004474
描述uncharacterized SmilChr08G004474
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54365220 - 54367642 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999199
GeneID130999199
locus_tag-
NCBI NameLOC130999199
原始查询SmilChr08G004474

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828401]; symbol=TRM11; hit=AT4G23020; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828401]; symbol=TRM11; hit=AT4G23020; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G23020 (TRM11)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828401]
identity=25; qcov=0.585; evalue=9.11e-06; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999199

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780685.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780685.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780685.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780685.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54365434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:54365568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:54365766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:54365776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:54365826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:54367193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,C53,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924702.1
ATCGGTTAGAAGCATCCTTGCTTCTACGTGTTGTTTGTCATTTTCTCCACATACATTGTTTCTTCTTTTCTATAAATCTAGCTACTTCCTATATCCAGCTTAGATCCCACAAAATTTAATCACATCAACTTCATCTCTCTTCCTCTCTCTCCCAATCACCAAATTTCTCCATTTCAAGAAAATCAAGAACTCCAAAAAAAAAATTAAAAAAATGGCTTTACTAGTTCAAGAAAGCTCAAATCTCCCAAGAATCCGACAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999199
ATGGCTTTACTAGTTCAAGAAAGCTCAAATCTCCCAAGAATCCGACAACATTTTGGTCCATTAATCGAAAATCGTCCCATGTTGCTCAAAGATTTTCTCAGAGACGATGCTTCTTCGCATTCACGGTCTCTGTCGGGCAAGTCAACGGCGGCGGCGAAGTCAAACAAGCCACACATCGTACTACTCCGAAGCTGGTCGAGGAGGGCCGCCGCCACGAAGCTCTCCGCCGTCCATAAAGTGATCAAGCTGCTCCACTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780685.1
MALLVQESSNLPRIRQHFGPLIENRPMLLKDFLRDDASSHSRSLSGKSTAAAKSNKPHIVLLRSWSRRAAATKLSAVHKVIKLLHFASSKSPATISRKLASRRPRPAKDDGDGDGGILGGVSEVKVKVKDILRWRSFRDLAEDDPRPLDFPPSPHRSAAAAAAATSCSKRCDGENEELSTLKNPKGDWSSFEEYEQQSPVSVLDSPFQECTHFHQILENLQRAKWCHKGKLAIYEEKARQLLSQVEEDHGDDDEDVMLDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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