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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004479

染色体: Chr08 坐标: 54407715-54410236 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004479
名称SmilChr08G004479
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54407715 - 54410236 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999204
GeneID130999204
locus_tag-
NCBI NameLOC130999204
原始查询SmilChr08G004479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2-like
产物UDP-galactose/UDP-glucose transporter 2-like
ArabidopsisAT1G12600 (AT1G12600)
UDP-N-acetylglucosamine (UAA) transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837816]
identity=77.3; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0118200
-
identity=77.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057780686.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780686.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780686.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780686.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780686.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54408908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C26
Chr8:54409022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:54409211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr8:54409283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr8:54409292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:54409350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,C76,D8
Chr8:54409517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:54409698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,D10
Chr8:54409773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr8:54409848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:54409876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr8:54409884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780686.1
362 aa
N
1
181
362
UAA
C
PF08449 UAA 23-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780686.1 Pfam PF08449 UAA Family 23 311 5e-82 276.2 UAA transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924703.1
TAATCGCGCGATTAATGACTTGCCAAATTAGCTAAGATTACAGCAAATTTAATTCCCGATTATACTCATAATCCCCTTCCCCTCCGCTTAAAATACTCAACCCTCTGCGCTTTTCTCTCTCTAGAAACGCTCCATTTCCGCCCTCCTTGCCTTCTTTAATCAACGCATGTAATTTAAATACTTAATTTTTTTTTGGTTTTTGTTTTTGTTGCTGGCGTAGAGGAACTGATACGTTTTGCCTTAAATACTCTGTTTCTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999204
ATGAAGAATGAAGAGCAGGCGCGTTCCCTCTTTGGGATTTCGCTGACCGAGAGACCCAGATGGCAGCAGTTTCTCATTTGCTCAACTGGGTTTTTCTTCGGTTATCTTGTTAATGGGATCTGTGAGGAATATGTGTATAACAGACTTCAATTCAGTTATGGGTGGTACTTCACCTTTGTGCAGGGATGGGTGTACATTTTGCTGATATATCTCCAAGGATTCACCACCAAGCAAATGGTGAATCCATGGAAGAGTTATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780686.1
MKNEEQARSLFGISLTERPRWQQFLICSTGFFFGYLVNGICEEYVYNRLQFSYGWYFTFVQGWVYILLIYLQGFTTKQMVNPWKSYVKLSAVLMGSNGLTKGSLAFLNYPAQIMFKSTKVLPVMVMGAFIPGLRRKYPPHEYISAVLLVVGLILFTLADAQTSPNFSVVGVMMVSGALVMDAFLGNLQEAIFTMNPETTQTEMLFCSTLVGMPFLIPPMVFTGELFRAWDSCSKHPYVYGVLIFEAMATFIGQVSVLSLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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