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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004485

染色体: Chr08 坐标: 54452815-54462507 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004485
名称SmilChr08G004485
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54452815 - 54462507 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999210
GeneID130999210
locus_tag-
NCBI NameLOC130999210
原始查询SmilChr08G004485

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G03880 (REME1)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814914]
identity=67.2; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0444500
-
identity=40.4; qcov=0.895; evalue=1.63e-169; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780695.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780695.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780695.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780695.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54453786 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 19 A10,A7,B101,B102,B13,B132,B136,B25,B38,B39,B66,B68,B86,B9,C26,C51,C55,C59,C63
Chr8:54454026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B27,B69,B79,D1,D6
Chr8:54454054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B79,D6
Chr8:54454082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B125,C73
Chr8:54454230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:54454305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:54454464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B88
Chr8:54454486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B76,B89,C48
Chr8:54454560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C11,C69
Chr8:54454592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:54454800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B61,C41,C53,C64
Chr8:54454831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780695.1
656 aa
N
1
328
656
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 126-153 aa PF13812 PPR_3 149-197 aa PF13041 PPR_2 151-197 aa PF01535 PPR 154-184 aa PF01535 PPR 224-248 aa PF13041 PPR_2 250-296 aa PF01535 PPR 252-282 aa PF01535 PPR 323-349 aa PF01535 PPR 351-378 aa PF01535 PPR 423-449 aa PF13041 PPR_2 424-463 aa PF20431 E_motif 466-528 aa PF01535 PPR 489-518 aa PF14432 DYW_deaminase 564-656 aa
XP_057780696.1
656 aa
N
1
328
656
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
E_motif
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 126-153 aa PF13812 PPR_3 149-197 aa PF13041 PPR_2 151-197 aa PF01535 PPR 154-184 aa PF01535 PPR 224-248 aa PF13041 PPR_2 250-296 aa PF01535 PPR 252-282 aa PF01535 PPR 323-349 aa PF01535 PPR 351-378 aa PF01535 PPR 423-449 aa PF13041 PPR_2 424-463 aa PF20431 E_motif 466-528 aa PF01535 PPR 489-518 aa PF14432 DYW_deaminase 564-656 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 126 153 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 149 197 2.8e-26 92.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780695.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 151 197 1.5e-63 211.4 PPR repeat family
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 184 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 248 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 250 296 1.5e-63 211.4 PPR repeat family
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 282 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 349 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 378 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 423 449 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 424 463 1.5e-63 211.4 PPR repeat family
XP_057780695.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 466 528 1.8e-23 83.2 E motif
XP_057780695.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 489 518 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780695.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 564 656 5.1e-37 126.3 DYW family of nucleic acid deaminases
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 126 153 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 149 197 2.8e-26 92.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057780696.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 151 197 1.5e-63 211.4 PPR repeat family
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 154 184 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 248 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 250 296 1.5e-63 211.4 PPR repeat family
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 252 282 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 323 349 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 351 378 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 423 449 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 424 463 1.5e-63 211.4 PPR repeat family
XP_057780696.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 466 528 1.8e-23 83.2 E motif
XP_057780696.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 489 518 4.8e-54 177.6 PPR repeat
XP_057780696.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 564 656 5.1e-37 126.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093441.1
AGAAGTGTGCAACGAGCTCTAGGAAAAACAGATTGAAATATTCATTTAGTAATTGCGACAAACACATAACCTGCATAAACAAAGGAAGCATCCTCACTCACCCTGTTCCAGTAATTTGATAGAGAAAGAAGTCATCATCCTCACCTTGAATCAAGCTAGCTGAAGACGGCTGCGTCTGAGAATTTACATAACCATCTTGGCGGCGGCGGAACACAGACCTCGCTCTATTTCTGTATTTCGCTCAATCAATCACGGACGAA...
XR_009093443.1
AGAAGTGTGCAACGAGCTCTAGGAAAAACAGATTGAAATATTCATTTAGTAATTGCGACAAACACATAACCTGCATAAACAAAGGAAGCATCCTCACTCACCCTGTTCCAGTAATTTGATAGAGAAAGAAGTCATCATCCTCACCTTGAATCAAGCTAGCTGAAGACGGCTGCGTCTGAGAATTTACATAACCATCTTGGCGGCGGCGGAACACAGACCTCGCTCTATTTCTGTATTTCGCTCAATCAATCACGGACGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130999210
ATGAAAATTATGTCAAGATTCAAATGTTACAGCATCACCTTGCGGGCTACTCCCCGCCTCATAGCAGTAGTAAACATAGCTCTTCAGCTTCCGAGGTTCTATTCTGTGGAGGTATCTGAGTCGAGGGCTAGGCCCAAGGCGTCGTCAAGTAATCACCAAGATATAGTCAATGAGTTCTCCGCGTATTGCTATCAAAAGGACCTTCCCAATGCAATGAAAGCATTGGACTCTATGCATAAACACAAGCTATGGGCAGACTC...
LOC130999210
ATGAAAATTATGTCAAGATTCAAATGTTACAGCATCACCTTGCGGGCTACTCCCCGCCTCATAGCAGTAGTAAACATAGCTCTTCAGCTTCCGAGGTTCTATTCTGTGGAGGTATCTGAGTCGAGGGCTAGGCCCAAGGCGTCGTCAAGTAATCACCAAGATATAGTCAATGAGTTCTCCGCGTATTGCTATCAAAAGGACCTTCCCAATGCAATGAAAGCATTGGACTCTATGCATAAACACAAGCTATGGGCAGACTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057780695.1
MKIMSRFKCYSITLRATPRLIAVVNIALQLPRFYSVEVSESRARPKASSSNHQDIVNEFSAYCYQKDLPNAMKALDSMHKHKLWADSVTYAELIKCCIARGAVKQGKQVHHHVFSNGYEPKTFLINTLVNMYVKFNLLDEAQVLFDRMLERNVVSWTTMIAAYSNSEHKYKALQMLIMMLRDGVRPNMYTYSSVLRASEEISTLKQLHCCIIKVGLELDVFVRSALIDVYCKWGEPKAALYIFDEMGTSDIVVWNSIIGG...
XP_057780696.1
MKIMSRFKCYSITLRATPRLIAVVNIALQLPRFYSVEVSESRARPKASSSNHQDIVNEFSAYCYQKDLPNAMKALDSMHKHKLWADSVTYAELIKCCIARGAVKQGKQVHHHVFSNGYEPKTFLINTLVNMYVKFNLLDEAQVLFDRMLERNVVSWTTMIAAYSNSEHKYKALQMLIMMLRDGVRPNMYTYSSVLRASEEISTLKQLHCCIIKVGLELDVFVRSALIDVYCKWGEPKAALYIFDEMGTSDIVVWNSIIGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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