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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004497

染色体: Chr08 坐标: 54592433-54594461 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004497
名称SmilChr08G004497
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54592433 - 54594461 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999220
GeneID130999220
locus_tag-
NCBI NameLOC130999220
原始查询SmilChr08G004497

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520-like
ArabidopsisAT5G66520 (AT5G66520)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836784]
identity=39.9; qcov=0.98; evalue=1.57e-134; confidence=medium
RiceOs05g0439300
-
identity=38.9; qcov=0.929; evalue=4.79e-121; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780707.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780707.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780707.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780707.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780707.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54592724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B46,C26
Chr8:54592872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,D4
Chr8:54592920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr8:54593091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:54593262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B130
Chr8:54593271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B73,C23,C79
Chr8:54593418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:54593460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B110,B53,B74
Chr8:54593667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B41,C18,C34
Chr8:54593712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B73,C23,C79
Chr8:54593949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:54593956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B73,C23,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780707.1
550 aa
N
1
275
550
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
C
PF13041 PPR_2 77-127 aa PF01535 PPR 82-107 aa PF01535 PPR 117-146 aa PF01535 PPR 186-215 aa PF13041 PPR_2 214-262 aa PF01535 PPR 217-246 aa PF01535 PPR 294-319 aa PF13041 PPR_2 320-370 aa PF01535 PPR 322-345 aa PF01535 PPR 361-388 aa PF01535 PPR 398-422 aa PF20431 E_motif 464-505 aa PF20430 Eplus_motif 510-536 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780707.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 77 127 6e-51 171.1 PPR repeat family
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 82 107 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 146 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 186 215 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 214 262 6e-51 171.1 PPR repeat family
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 217 246 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 294 319 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 320 370 6e-51 171.1 PPR repeat family
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 345 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 361 388 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 398 422 3e-54 178.2 PPR repeat
XP_057780707.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 464 505 5e-10 40.2 E motif
XP_057780707.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 510 536 2.3e-06 27.9 E+ motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924724.1
TTCGTTAAATCTCCTAGGCCCTAGTTTCCTCTTAATTTCTTTTTTTGAGTTGGAATTTCTCGTTAATTTCTTGATATAGCTTCTTCGACTGGCGACTGCCATTGATTTTGCCTTGAAACCAAAAACCCCAAATTGTTCCAAATCTGTCGAAGCAGCTGTTTGCCAAAGAAAGTATGCATGTTTCTTGAAGAAAGTCTCCCACTGAGCTCAAGGCAACTGCAACAGCACCTCTTCTCCCTGCTTCAAAGCCGCTGCAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999220
ATGTTTCTTGAAGAAAGTCTCCCACTGAGCTCAAGGCAACTGCAACAGCACCTCTTCTCCCTGCTTCAAAGCCGCTGCAAATCGATTAAACACCTCGCTCAGATCCATGCCCACATCACCACCAATGGATTCAGCAACAAAAACTTCCTTCTCGTCAAGCTATTGTCATTATACACATCCTTCAACAATTTCCCCACCGCCCAGCAACTGTTCGATCAAATGCCGAGCCCGAGCTCCGCGCTCTGGAACCAAATTATCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780707.1
MFLEESLPLSSRQLQQHLFSLLQSRCKSIKHLAQIHAHITTNGFSNKNFLLVKLLSLYTSFNNFPTAQQLFDQMPSPSSALWNQIIRGYQINGNPRRSVEVFNIMERGSPSPPDEHTYTFLVNGCAKGGLLGEGMQVHGKVLKSGFSSNVYVQSSLVDFYVKNGGGRDGVANAKKVFDEMPERSVVTWNSLLLGSFRCGDVDGARAIFEVMPGRNVVSWTTMISGCTQNGRSKEALILFRQMQHENVEFDQVTLVGVLAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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